在行政处罚案件中，行政机关已立案的情况下，当事人仍然可以申请人民调解。以下从多个角度对此问题进行详细分析：
一、人民调解的适用性与行政处罚案件的关系
人民调解是一种非诉讼的纠纷解决方式，它依据当事人的自愿原则，通过人民调解委员会等中立第三方的介入，帮助当事人达成和解协议，从而化解纠纷。在行政处罚案件中，尽管行政机关已经立案，但这并不妨碍当事人之间就纠纷本身进行协商和调解。实际上，人民调解的灵活性和高效性往往能够为当事人提供一个更为平和、理性的解决纠纷的途径。
二、申请人民调解的法律依据
虽然《中华人民共和国行政处罚法》等行政法规主要规范了行政处罚的实施程序，但并未禁止在行政处罚过程中进行人民调解。相反，根据《中华人民共和国人民调解法》的相关规定，人民调解委员会可以调解包括民事纠纷、行政纠纷（在行政机关与当事人之间就行政处罚等事项产生的争议，虽严格意义上不属于传统民事纠纷，但可借鉴人民调解的灵活机制进行协商）在内的多种纠纷。因此，从法律层面来看，申请人民调解并不违反任何法律规定。
三、申请人民调解的实际操作与注意事项
自愿原则：申请人民调解必须基于当事人的自愿。如果任何一方不同意调解，或者调解过程中无法达成一致意见，调解程序将终止，当事人可以选择其他纠纷解决方式。
调解协议的法律效力：如果当事人通过人民调解达成了和解协议，该协议具有法律约束力。当事人应当履行协议约定的义务。如果一方不履行协议，另一方可以依法向人民法院提起诉讼，要求确认协议效力并强制执行。
与行政处罚程序的衔接：在行政处罚案件中申请人民调解，并不意味着行政处罚程序的终止。行政机关仍然可以继续进行调查取证、审查决定等程序。如果调解成功并达成了和解协议，行政机关可以根据协议内容对行政处罚进行相应调整（如减轻、免除处罚等），但这需要行政机关的依法裁量。
调解不成的影响：如果调解不成，行政机关将继续按照法定程序进行行政处罚。此时，当事人仍然享有陈述、申辩、申请行政复议或提起行政诉讼等权利。
四、建议与风险提示
及时沟通：在行政机关立案后，当事人应尽快与行政机关沟通，表达申请人民调解的意愿，并了解行政机关对调解的态度和可能接受的调解方案。
寻求专业帮助：由于行政处罚案件涉及复杂的法律问题和程序要求，当事人在申请人民调解前最好咨询专业律师的意见，以确保自己的权益得到充分保障。
注意调解时限：虽然人民调解没有严格的时限要求，但为了避免行政处罚程序的不必要拖延，当事人应尽快启动调解程序并努力达成和解协议。
作为专业律师，我建议你在面对行政处罚案件时，如果认为有调解的可能性和必要性，不妨积极尝试申请人民调解。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。