在环境行政处罚案件中，疑难复杂的主体认定主要依据以下方面进行：

1. 违法行为人原则：

   • 核心要点：环境行政处罚的当事人应当是实施违法行为的公民、法人或其他组织。这一原则确保了处罚的针对性和有效性，即只有直接参与或负责环境违法行为的人或实体，才能被认定为处罚对象。
   • 应用实例：若某企业超标排放废气，那么该企业作为法人，就是环境行政处罚的当事人。若该行为是由企业内某部门或个人具体实施，且该部门或个人在违法行为中起到决定性作用，那么根据具体情况，该部门或个人也可能被追究相应责任，但主要处罚对象仍为企业。

2. 责任自负原则：

   • 核心要点：个人或组织需对其自身的环境违法行为承担法律责任。这一原则体现了法律的公正性和合理性，避免了责任的不当转嫁。
   • 应用实例：在环境行政处罚中，不能因某企业的法定代表人或负责人个人行为而处罚整个企业（除非该行为代表企业意志且为企业利益），也不能因企业员工的个人行为而处罚企业（除非该行为属于职务行为且企业未尽到管理责任）。

3. 认定主体及职责：

   • 环境保护主管部门：
     • 调查取证：环保部门在发现环境违法行为后，有权进行调查取证，收集相关证据材料，这是认定当事人的基础。
     • 审查认定：基于调查结果，环保部门会审查并确认违法事实的存在以及当事人的身份和责任。
     • 作出决定：在确认当事人身份和责任后，环保部门会根据相关法律法规作出行政处罚决定。
   • 其他相关部门：在涉及跨部门协作的环境违法行为中，其他相关部门也可能参与调查和处理工作，并在各自职责范围内协助环保部门完成当事人的认定工作。

4. 认定程序：

   • 立案：环保部门在发现环境违法行为后，会依法进行立案处理。
   • 调查取证：通过现场检查、询问当事人、查阅相关资料等方式收集证据，以明确违法事实和当事人身份。
   • 告知权利：在作出处罚决定前，环保部门会告知当事人拟作出的处罚内容及事实、理由、依据，并告知其依法享有的陈述、申辩等权利。
   • 听证（如需）：对于符合听证条件的案件，环保部门会组织听证会，听取当事人的意见和辩解，以确保处罚的公正性。
   • 作出决定：基于调查结果和听证情况（如有），环保部门会依法作出行政处罚决定，并明确处罚对象。

5. 特殊情形下的认定：

   • 单位违法：如果环境违法行为是由单位实施的，那么该单位将被认定为处罚对象。同时，如果直接负责的主管人员和其他直接责任人员在违法行为中起到重要作用，他们也可能被追究个人责任。
   • 共同违法：如果两个或两个以上的当事人共同实施了环境违法行为，那么他们都将被认定为处罚对象，并根据各自的过错程度承担相应的法律责任。

在疑难复杂的环境行政处罚案件中，主体认定的关键在于准确把握违法行为人原则、责任自负原则，并严格按照认定程序进行操作。同时，对于特殊情形下的认定，如单位违法和共同违法，也需要根据具体情况进行细致分析。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。