非法运营客运车辆不一定会以非法经营罪追究，是否追究刑事责任需根据具体情况综合判断。以下从不同角度为你详细分析：

一、一般情况下的行政处罚

如果只是单纯的非法运营客运车辆，即未依法取得营运权而实施了营运行为，比如未按规定领取有关主管部门核发的营运证件或超越核定范围进行经营，这主要构成行政违法。依据《中华人民共和国道路运输条例》的相关规定，县级以上道路运输管理机构有权采取以下行政处罚措施：

• 责令停止经营；
• 有违法所得的，没收违法所得，并处违法所得2倍以上10倍以下的罚款；
• 没有违法所得或者违法所得不足2万元的，处3万元以上10万元以下的罚款。

例如，小张在没有取得道路运输经营许可的情况下，私自用自家车辆从事客运经营，被道路运输管理机构查处后，就可能面临上述行政处罚，而不会直接以非法经营罪追究刑事责任。

二、可能构成非法经营罪的情况

当非法营运行为达到“情节严重”的标准时，就可能构成非法经营罪。根据《中华人民共和国刑法》第二百二十五条的规定，违反国家规定，未经许可经营法律、行政法规规定的专营、专卖物品或者其他限制买卖的物品，扰乱市场秩序，情节严重的，将面临五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处违法所得一倍以上五倍以下罚金；情节特别严重的，将受到五年以上有期徒刑，并处违法所得一倍以上五倍以下罚金或者没收财产的刑事处罚。

在非法运营客运车辆中，如果存在多次非法运营、非法运营的规模较大、非法运营获取的违法所得数额巨大等情况，就可能被认定为“情节严重”，从而构成非法经营罪。比如，李某长期从事非法客运经营，组织了多辆车辆形成一个小型的非法客运车队，在一段时间内获取了高额的违法所得，这种情况下就很有可能被以非法经营罪追究刑事责任。

三、可能构成其他犯罪的情况

1. 交通肇事罪：在非法运营过程中，如果发生重大交通事故并负主要责任以上，可能构成交通肇事罪。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，违反交通运输管理法规，因而发生重大事故，致人重伤、死亡或者使公私财产遭受重大损失的，将面临三年以下有期徒刑或者拘役的刑事处罚；交通运输肇事后逃逸或者有其他特别恶劣情节的，将受到三年以上七年以下有期徒刑的处罚；因逃逸致人死亡的，则将面临七年以上有期徒刑的严厉惩罚。 例如，王某非法运营客运车辆，在行驶过程中因超速等违法行为发生了重大交通事故，导致多人伤亡，且王某负事故的主要责任，那么王某就可能构成交通肇事罪。
2. 其他犯罪：如果非法运营车辆被用于实施其他犯罪行为，如绑架、抢劫等，那么将依据具体实施的犯罪行为来定罪量刑。比如，犯罪分子利用非法运营的车辆作为作案工具，在运输乘客的过程中实施抢劫行为，那么就会以抢劫罪来追究犯罪分子的刑事责任。

法律建议

为了避免不必要的法律风险，建议你或者相关经营者务必依法取得道路运输经营许可等相关证件，合规经营客运车辆。如果已经涉及非法运营客运车辆的情况，要积极配合相关部门的调查和处理，如实说明情况。若对具体的法律责任和应对措施存在疑问，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况为你提供专业的法律建议。