结论：合同中约定争议去甲方的相关部门解决，并不意味着起诉必须去甲方所在地，具体是否需要去甲方所在地起诉，需结合合同中的具体约定以及相关法律规定来判断。
分析如下：
合同约定与管辖法院的关系：
- 合同中关于争议解决的约定，通常被称为“管辖条款”或“争议解决条款”。这类条款可以约定争议解决的方式（如仲裁或诉讼），以及解决争议的地点或法院。
- 如果合同中明确约定了争议应提交至甲方所在地的法院或仲裁机构解决，那么根据合同的约定，起诉或仲裁确实需要在甲方所在地进行。
法律规定对管辖的影响：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，合同纠纷的管辖法院通常包括被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院。
- 如果合同中的管辖条款违反了法律的强制性规定（如约定了与争议无实际联系的地点的法院管辖），那么该条款可能被视为无效，此时应依据法律规定来确定管辖法院。
合同约定不明确时的处理：
- 如果合同中的管辖条款表述模糊或存在歧义，导致无法明确确定管辖法院，那么根据法律规定，双方可以协商确定管辖法院；协商不成的，则依据法律规定来确定。
- 在这种情况下，起诉方并不必然需要去甲方所在地起诉，而是可以根据法律规定和实际情况选择合适的管辖法院。
建议：
- 仔细审查合同条款：首先，应仔细审查合同中的管辖条款，明确双方关于争议解决的约定。
- 咨询专业律师：如果合同条款存在模糊或歧义，或者对管辖法院的确定存在疑问，建议咨询专业律师以获取准确的法律意见。
- 准备相关证据：在准备起诉时，应收集并整理与争议相关的证据材料，以便在诉讼过程中支持自己的主张。
可能后果：
- 如果合同中明确约定了甲方所在地的法院为管辖法院，且该约定合法有效，那么起诉方需要按照约定去甲方所在地起诉；否则，可能面临法院不予受理或驳回起诉的风险。
- 如果合同中的管辖条款无效或存在模糊、歧义，那么起诉方有权根据法律规定选择合适的管辖法院进行起诉。
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