结论：合同收款方是一个账户，而最终付款为另外一个公司账户，这种操作是否合规，需结合具体情况来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
合同约定角度：
- 如果合同中明确约定了收款账户，且该账户与最终付款的公司账户不一致，但合同中同时注明了存在代收或指定付款账户的情况，并得到了双方的一致认可，那么这种操作是合规的。因为合同是双方意思自治的体现，只要合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定，就是有效的。
- 如果合同中明确约定了收款账户，且未提及代收或指定付款账户的情况，而实际付款时却使用了另一个公司账户，这可能构成违约行为。因为付款方未按照合同约定的账户进行付款，违反了合同的约定。
法律关系角度：
- 从法律关系上看，如果收款方和付款方之间存在合法的债权债务关系，且付款方通过另一个公司账户付款是出于合法、合理的目的（如资金调配、内部转账等），且该行为未损害收款方的合法权益，那么这种操作在法律上可能是被允许的。
- 如果付款方通过另一个公司账户付款是为了逃避债务、偷税漏税等非法目的，那么这种行为就是不合法的，可能构成违法行为，甚至犯罪行为。
实际操作角度：
- 在实际操作中，为了避免纠纷和风险，建议双方在合同中明确约定收款账户和付款方式，包括是否允许代收或指定付款账户等。同时，付款方在付款时应确保付款账户与合同约定或双方协商一致的账户相符，以避免不必要的麻烦。
- 如果确实需要变更付款账户，双方应及时签订补充协议或进行书面确认，以确保变更的合法性和有效性。
建议：
- 对于收款方来说，如果发现付款方使用了与合同约定不一致的账户进行付款，应及时与付款方沟通确认，并要求付款方提供合法的付款证明或说明原因。如果无法确认或存在疑虑，建议咨询专业律师以获取法律帮助。
- 对于付款方来说，应严格按照合同约定的账户进行付款，避免使用其他账户进行付款以规避风险。如果确实需要变更付款账户，应及时与收款方协商并签订补充协议或进行书面确认。
可能后果：
- 如果这种操作被认定为违约行为，付款方可能需要承担违约责任，包括支付违约金、赔偿损失等。
- 如果这种操作被认定为违法行为或犯罪行为，付款方可能需要承担相应的法律责任，包括行政处罚、刑事处罚等。
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