签了运输协议后是否需要开发票，需分情况讨论，具体如下：

1. 从法律义务角度
   根据《中华人民共和国发票管理办法》第十九条，销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项，收款方应当向付款方开具发票。因此，若运输协议属于经营性业务（如企业间货物运输、有偿客运等），收款方有义务在收到款项后开具发票，否则可能面临税务机关责令改正、罚款等行政处罚。

2. 从协议约定角度
   若运输协议中明确约定了“开具发票”为合同义务（例如约定“甲方支付运费后，乙方应在5个工作日内开具增值税专用发票”），则双方需按约定履行。若一方未履行开票义务，另一方可依据协议主张违约责任（如要求赔偿损失、顺延付款期限等）。

3. 从税务合规角度
   即使协议未明确约定开票，收款方仍需依法纳税。若未开票但已申报纳税，税务风险较低；但若未开票也未纳税，可能构成偷税漏税，需补缴税款、滞纳金，甚至面临刑事责任。付款方若未取得发票，可能无法在企业所得税前扣除成本，增加税务负担。

4. 特殊情形说明

   • 非经营性运输：如个人无偿帮朋友运输货物，不属于经营行为，无需开票。
     
   • 小额零星交易：根据税务规定，个人从事小额零星经营业务（如单次不超过500元），可凭收款凭证及内部凭证作为税前扣除依据，但需满足条件（如个人具备经营资质、业务真实等）。
     

建议：

• 若您是收款方，务必在协议中明确开票时间、类型（专票/普票）及违约责任，避免纠纷；
  
• 若您是付款方，可在协议中约定“付款以收到合法发票为前提”，保障自身权益；
  
• 双方均需保留运输协议、付款凭证、沟通记录等证据，以备税务检查或争议解决。
  

如有具体协议条款或业务场景需分析，可进一步向我说明。