结论：未满十八岁在学校打架被公安罚款1000元是否合理，需结合具体情节判断，但存在程序和实体上的特殊要求，未成年人一般不直接适用行政罚款，更可能通过批评教育、责令监护人管教等方式处理。以下是具体分析：

1. 从行政处罚的法律依据看，未成年人有特殊保护

根据《行政处罚法》第30条，不满十四周岁的未成年人有违法行为的，不予行政处罚，责令监护人加以管教；已满十四周岁不满十八周岁的未成年人有违法行为的，应当从轻或者减轻行政处罚。
若打架行为未造成严重后果（如轻伤以上），公安机关直接对未成年人罚款1000元，可能违反“从轻、减轻”原则，尤其是对未满16周岁的未成年人，罚款的合理性存疑。

2. 从打架行为的性质看，需区分“治安违法”与“校园纠纷”

• 若构成治安违法（如结伙斗殴、殴打他人）：根据《治安管理处罚法》第43条，殴打他人的可处5-10日拘留并500元以下罚款；情节较轻的处5日以下拘留或500元以下罚款。但对未成年人应优先适用批评教育、责令监护人管教，罚款需严格符合“情节较轻”且“已满14周岁”的条件，1000元罚款可能超出法定幅度。
  
• 若属于普通校园纠纷（如轻微推搡、争吵）：一般不构成治安违法，公安机关无权罚款，应由学校或教育部门通过校规处理（如批评教育、纪律处分）。

3. 从程序合法性看，未成年人处罚需监护人到场

根据《治安管理处罚法》第84条，询问未成年人时，应当通知其父母或其他监护人到场。若公安机关在处罚前未履行这一程序（如未通知监护人、未听取未成年人陈述），处罚决定可能因程序违法被撤销。

4. 建议行动方向

• 核实处罚依据：要求公安机关出具《行政处罚决定书》，查看引用的法律条款（如《治安管理处罚法》第几条）及具体情节描述。
  
• 申请复议或诉讼：若认为处罚不当，可由监护人在60日内申请行政复议，或6个月内直接提起行政诉讼，主张撤销或变更处罚。
  
• 协商解决：若情节轻微，可与学校、公安机关沟通，争取转为批评教育或监护人管教，避免留下行政处罚记录。

总结：未成年人打架被罚款需严格符合法定条件（年龄、情节、程序），1000元罚款的合理性需结合具体案情判断。若对处罚有异议，建议尽快通过法律途径维护权益。如有进一步细节（如年龄、伤情、处罚文书内容），可向我补充说明，我会为您详细分析。