自由贸易技术合同未备案，并不直接导致合同无效，但可能影响后续政策优惠的享受及在某些情况下的证明效力，建议尽快补办备案手续。以下是详细分析：
合同效力不受影响：
- 根据我国相关法律法规，技术合同的备案并非合同生效的必要条件。也就是说，即使技术合同没有进行备案，只要合同本身符合法律规定的成立要件（如双方意思表示真实、内容合法等），合同仍然是有效的，对双方当事人具有法律约束力。
可能影响政策优惠的享受：
- 在自由贸易试验区等特定区域，政府为了鼓励技术创新和合作，可能会出台一系列优惠政策，如税收减免、资金扶持等。这些优惠政策往往要求技术合同必须经过备案才能享受。因此，如果技术合同未备案，可能会错过这些政策优惠。
备案作为证明效力的辅助：
- 在某些情况下，如涉及技术进出口、知识产权保护等，备案的技术合同可能作为证明双方权利义务关系的重要依据。未备案的合同在证明效力上可能会受到一定影响，增加举证难度。
建议尽快补办备案手续：
- 鉴于备案可能带来的政策优惠和证明效力上的优势，建议技术合同的双方当事人尽快前往相关部门（如科技部门、商务部门等）补办备案手续。备案流程通常包括提交合同文本、双方身份证明、技术说明等材料，并填写备案申请表。具体流程和所需材料可能因地区而异，建议提前咨询相关部门或查阅官方网站。
注意事项：
- 在补办备案手续时，应确保合同内容真实、合法、有效，避免因为合同内容问题而导致备案失败或引发其他法律纠纷。
- 如果合同已经履行完毕或部分履行，备案时可能需要提供履行情况的证明材料，如发票、验收报告等。