针对您作为甲方不小心点到电子合同作废，且行程已经结束的这种情况，以下是我为您提供的详细处理建议：
首先，需要明确的是，电子合同的作废通常意味着合同关系的终止或无效。但在此情境下，由于行程已经结束，合同的实际履行已经完成，因此作废操作可能并不会直接对已经发生的行程产生实质性影响。不过，从法律和合同管理的角度来看，我们仍需要采取一系列措施来确保各方权益得到妥善处理。
一、核实合同作废的具体情况
确认作废操作：请首先确认您确实是在电子合同系统中进行了作废操作，并且该操作已经生效。这通常可以通过查看合同状态或系统通知来确认。
了解作废后果：查阅电子合同系统的使用规范或相关通知，了解合同作废后可能产生的法律后果和系统处理方式。特别是要注意是否有关于已履行合同部分的处理规定。
二、与乙方沟通协商
及时通知乙方：一旦确认合同已被作废，应立即与乙方取得联系，告知其合同作废的情况，并说明行程已经结束的事实。
协商解决方案：与乙方协商如何处理因合同作废而可能产生的问题，如费用结算、责任划分等。由于行程已经结束，双方可以基于实际履行情况来协商一个公平合理的解决方案。
三、采取补救措施
重新签订合同（如需要）：如果合同作废后，双方仍需要维持某种形式的合作关系或确认某些事项，可以考虑重新签订一份新的合同。但在此情况下，由于行程已经结束，重新签订合同可能并非必要。
保留相关证据：为了应对可能出现的纠纷或争议，建议您保留与行程相关的所有证据，如行程确认单、支付凭证、沟通记录等。这些证据将有助于证明您的权益和履行情况。
四、寻求法律支持（如必要）
咨询专业律师：如果您对合同作废的法律后果或处理方式存在疑问，或者与乙方无法达成一致意见，建议咨询专业律师以获取法律支持。
考虑法律途径：在极端情况下，如果乙方拒绝协商或存在其他违法行为，您可能需要考虑通过法律途径来维护自己的权益。
五、预防未来类似情况
加强合同管理：为了避免未来再次发生类似情况，建议您加强合同管理，确保在签订、履行和终止合同过程中严格遵守相关法律法规和系统规范。
提高操作谨慎性：在使用电子合同系统时，请务必提高操作谨慎性，避免误点或误操作导致不必要的麻烦和损失。
综上所述，虽然合同作废可能带来一些法律和管理上的挑战，但通过及时沟通、协商解决方案、采取补救措施和寻求法律支持（如必要），您可以有效地应对这种情况并维护自己的权益。