在职务犯罪案件中，若特定关系人处有两千多万资金，需根据资金性质、来源及与职务行为的关联性，分情况处理特定关系人，具体分析如下：

1. 若资金为受贿所得或与职务犯罪直接相关
   根据《刑法》第三百八十八条之一（利用影响力受贿罪）及第三百一十二条（掩饰、隐瞒犯罪所得罪），若特定关系人通过国家工作人员的职务便利，直接或间接收受他人财物（如两千多万），或明知资金为职务犯罪所得仍协助转移、窝藏，则可能构成共犯或独立犯罪。

   • 处理方式：司法机关会依法追缴涉案资金，并对特定关系人以受贿罪共犯、利用影响力受贿罪或掩饰、隐瞒犯罪所得罪等罪名追究刑事责任。量刑需结合资金数额、情节严重性（如是否主动索贿、是否造成重大损失）等因素综合判定。

2. 若资金为合法财产，但与职务行为存在间接关联
   若特定关系人能证明两千多万资金来源于合法经营、投资收益或继承等，且与国家工作人员的职务行为无直接因果关系（如未利用职务便利为资金获取提供帮助），则资金可能不被认定为涉案财产。

   • 处理方式：司法机关需通过调查资金流向、交易记录等证据，排除合理怀疑后，依法返还合法财产。但若特定关系人存在“挂名”领薪、虚假投资等掩盖非法目的的行为，仍可能面临刑事追责。

3. 若资金性质存疑，需通过司法程序认定
   实践中，特定关系人常以“借款”“投资”等名义掩盖受贿实质。此时，司法机关会结合以下因素综合判断：

   • 资金往来是否符合市场规律（如无合理对价、未签订合同）；
     
   • 国家工作人员是否利用职务便利为对方谋利；
     
   • 特定关系人与国家工作人员是否存在共同故意（如事前通谋、事后分赃）。
     
   • 处理方式：若资金被认定为赃款，将依法追缴；若特定关系人主观明知仍参与，则构成共犯；若确属不知情，则仅需配合调查，不承担刑事责任。

建议：若您或相关人员涉及此类情形，需立即整理资金来源证据（如银行流水、合同、税务记录等），并委托律师介入，通过申请听证、提交法律意见等方式，最大限度维护合法权益。具体操作需结合案件细节，如有疑问可直接向我咨询。