针对“企业与企业合同纠纷由什么部门协调”这一问题，可以从以下几个角度进行详细解答：
行政主管部门协调
- 适用情形：当合同纠纷涉及特定行业监管领域，如市场监督、房地产、交通运输等，且存在违法违规行为时，企业可以向相应的行政主管部门投诉，寻求协调解决。例如，若合同纠纷涉及虚假宣传，可向市场监督管理部门反映；若涉及房屋买卖，则可寻求房地产管理部门的帮助。
- 协调流程：行政主管部门在接到投诉后，会依据职权对纠纷进行调查，并尝试通过调解的方式解决争议。但需要注意的是，行政主管部门的调解结果通常不具有强制执行力，若调解不成，企业仍需通过其他途径解决纠纷。
仲裁机构裁决
- 适用条件：若合同中已约定仲裁条款，或在纠纷发生后双方达成仲裁协议，企业可以选择向仲裁机构申请裁决。
- 优势特点：仲裁实行一裁终局制度，效率高，专业性强。仲裁机构如中国国际经济贸易仲裁委员会、地方仲裁委员会等，能够依据仲裁协议对合同纠纷进行公正、专业的裁决，且裁决结果具有法律强制执行力。
人民法院诉讼
- 普遍适用性：在未约定仲裁或仲裁协议无效的情况下，企业可以向有管辖权的人民法院提起诉讼，寻求司法解决。
- 管辖原则：一般由被告住所地或合同履行地法院管辖，但双方也可在合同中协议选择其他与争议有实际联系的地点作为管辖法院（需遵守级别管辖和专属管辖规定）。
- 诉讼流程：法院将依据相关法律法规和合同约定，对合同的效力、履行情况、违约责任等进行全面审查，并作出具有权威性和强制执行力的判决。
人民调解委员会调解
- 适用情形：对于事实清楚、争议不大的合同纠纷，企业也可以考虑向人民调解委员会申请调解。
- 调解优势：人民调解委员会提供的调解服务灵活便捷，成本低廉，能够快速有效化解矛盾。调解协议具有法律约束力，当事人应依约履行。但同样需要注意的是，调解结果不具有强制执行力，若一方不履行调解协议，另一方仍需通过其他途径寻求救济。
行业协会或商会协调
- 适用情形：对于本行业内的合同纠纷，企业还可以考虑向行业协会或商会寻求协调帮助。
- 协调方式：行业协会或商会设有的调解机构可以提供专业的调解服务，帮助双方沟通协商，解决纠纷。这种方式通常更加贴近行业实际，能够更快速地找到问题的症结所在，并提出合理的解决方案。
综合建议：
- 在选择纠纷协调或解决方式时，企业应首先检查合同中是否有关于仲裁或管辖法院的明确约定。
- 若涉及特定行业监管领域，可考虑先向相关行政主管部门投诉以寻求专业指导。
- 对于复杂或争议较大的纠纷，仲裁和诉讼可能是更为稳妥的选择。其中，仲裁更注重效率和专业性，而诉讼则提供了更广泛的救济途径。
- 对于简单明了的纠纷，人民调解委员会或行业协会、商会提供的调解服务可能是一个快速有效的解决方案。
企业在处理合同纠纷时，应根据具体情况选择合适的协调或解决途径，并及时采取行动，以确保自己的合法权益得到有效保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。