结论：借款诉讼时效有效时，抵押权本身通常仍然有效，但抵押权的行使可能受到主债权诉讼时效期间的限制。以下是对这一问题的详细分析：

一、抵押权与诉讼时效的基本关系

1. 抵押权的有效性：抵押权作为担保物权的一种，其存在并不直接依赖于诉讼时效。只要主债权未消灭且不存在其他导致抵押权消灭的法定情形（如抵押物灭失、抵押权实现等），抵押权就一直有效存在。

2. 诉讼时效的影响：诉讼时效主要影响的是抵押权的行使，而非抵押权本身。根据《民法典》第四百一十九条的规定，抵押权人应当在主债权诉讼时效期间行使抵押权；未行使的，人民法院不予保护。这意味着，虽然抵押权本身不因诉讼时效的经过而失效，但如果抵押权人在主债权诉讼时效期间届满后仍未行使抵押权，其将丧失通过司法途径强制实现抵押权的权利。

二、不同情况下的抵押权效力

1. 诉讼时效未经过：在主债权诉讼时效期间内，抵押权人可以正常行使抵押权，包括通过协商、诉讼或仲裁等方式实现抵押权。此时，抵押权的有效性不受影响。

2. 诉讼时效经过：如果主债权诉讼时效期间已经届满，且抵押权人未在此期间内行使抵押权，那么抵押权人将丧失通过司法途径强制实现抵押权的权利。然而，这并不意味着抵押权本身已经消灭。如果抵押人自愿履行抵押义务，法律并不禁止。此外，如果双方能够就抵押权的行使达成新的协议，也可以在一定程度上恢复抵押权的效力。

三、实际操作中的建议

1. 债权人角度：

   • 密切关注主债权的诉讼时效情况，及时采取措施导致诉讼时效中断（如定期向债务人发送催款函并要求其签字确认、提起诉讼或申请仲裁等），以延长主债权的诉讼时效期间。
   • 保留好相关证据，以备日后可能出现的纠纷。这些证据可以包括催款通知、还款协议、诉讼或仲裁文书等。
   • 如果发现诉讼时效即将届满，应尽快采取行动，避免因超过诉讼时效而无法行使抵押权。例如，可以与债务人协商达成新的还款协议或要求债务人提供新的担保等。

2. 债务人角度：

   • 了解诉讼时效中断的相关规定，避免因为自己的某些行为（如承认债务）导致诉讼时效中断，从而延长债权人的追诉期限。
   • 如果认为债权人的抵押权行使存在不当之处或已经超过诉讼时效期间，可以积极与债权人沟通并寻求法律救济途径。

四、法律依据

• 《中华人民共和国民法典》第三百九十三条：有下列情形之一的，担保物权消灭：（一）主债权消灭；（二）担保物权实现；（三）债权人放弃担保物权；（四）法律规定担保物权消灭的其他情形。
• 《中华人民共和国民法典》第四百一十九条：抵押权人应当在主债权诉讼时效期间行使抵押权；未行使的，人民法院不予保护。

总结：借款诉讼时效有效时，抵押权本身通常仍然有效，但抵押权的行使可能受到主债权诉讼时效期间的限制。因此，债权人和债务人都应密切关注诉讼时效情况，并采取相应的措施来保护自己的合法权益。如果你有进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，可以直接向我咨询。