当公司进入清算程序时，员工的权益保障是至关重要的环节。根据《中华人民共和国劳动法》《中华人民共和国劳动合同法》及相关法规，公司清算时需对员工进行一系列的经济补偿。以下是对这一问题的详细解答：
一、经济补偿金的支付
法律依据：
- 根据《劳动合同法》第四十四条，用人单位被依法宣告破产或决定提前解散的，劳动合同终止。
- 第四十六条规定，用人单位需按第四十四条规定终止劳动合同的，应向劳动者支付经济补偿。
计算标准：
- 经济补偿按劳动者在本单位工作的年限计算，每满一年支付一个月工资；
- 六个月以上不满一年的，按一年计算；
- 不满六个月的，支付半个月工资。
- 若员工月工资高于当地职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，且年限最高不超过十二年。
示例：
- 员工A在公司工作3年8个月，月工资为5000元，则经济补偿金为4个月工资，即20,000元。
二、工资、奖金、福利等欠付费用的支付
工资支付：
- 公司清算时，应支付员工截至清算之日止正常工作期间应得的全部工资，包括基本工资、加班工资、绩效工资等。
奖金与福利：
- 对于符合公司规章制度或约定的奖金条件，以及未休年假补偿、未报销合理费用等福利，公司也应在清算过程中予以支付。
三、社会保险和住房公积金的补缴
补缴义务：
- 公司在清算前需核实并补缴未依法为员工缴纳的社会保险和住房公积金，以确保员工的社会保障权益不受影响。
操作流程：
- 清算组负责核实缴纳情况，计算欠缴金额，并按规定向社会保险经办机构和住房公积金管理中心办理补缴手续。
四、特殊情形的处理
拖欠工资与社保：
- 清算组需优先清偿员工工资、医疗/伤残补助、抚恤费用及欠缴的社保费用。
未提前通知解除合同：
- 若公司未提前30日书面通知解除劳动合同，需额外支付一个月工资的代通知金。
违法解除合同的赔偿金：
- 若公司违反法律规定解除合同，员工可主张双倍经济补偿标准的赔偿金（即“2N”原则）。
五、清算流程中的员工权益保障步骤
成立清算组：
- 公司应在解散事由出现后15日内成立清算组，成员包括股东、董事或专业机构人员。
制定清偿方案：
- 清算组需在清理资产、编制资产负债表后，制定包含员工薪酬在内的清偿方案，并报股东大会或法院确认。
公告与申报债权：
- 清算组需在报纸上公告，通知债权人（含员工）申报债权，员工需在规定期限内提交工资证明等材料。
分配剩余财产：
- 清偿顺序为：破产费用和共益债务→员工工资及社保费用→税款→普通债权。
六、员工维权途径
协商与调解：
劳动仲裁：
- 向劳动合同履行地或公司所在地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁，时效为一年。
法律诉讼：
七、注意事项
- 保留证据：员工应保存劳动合同、工资条、考勤记录等材料，以备维权之需。
- 及时申报：关注清算公告，按时申报债权，确保自己的权益得到及时保障。
- 法律咨询：在复杂情况下，建议寻求律师帮助，以更好地维护自己的合法权益。
综上所述，公司在清算时必须严格遵守相关法律法规，确保员工的合法权益得到妥善处理和充分保障。员工也应了解自己的权益，并在必要时积极寻求法律援助以维护自身利益。