未签劳动合同超过两年，仍然可以申请劳动仲裁，但具体情形和可主张的权益会有所不同。以下是从不同角度的详细分析：

一、法律背景与规定

根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的相关规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。然而，对于未签订劳动合同的二倍工资差额这一特定权益，其仲裁时效的计算方式有其特殊性。

1. 二倍工资差额的仲裁时效：

   • 未签订劳动合同的二倍工资差额，属于惩罚性赔偿，其仲裁时效通常从用工之日起满一年的次日起计算一年。也就是说，如果劳动者在用工之日起一年内未提出二倍工资差额的诉求，那么从满一年的次日起，再往后推一年，就是其可以主张二倍工资差额的仲裁时效期间。
   • 但需要注意的是，如果劳动者在用工之日起超过一年仍未与用人单位签订书面劳动合同，那么从用工之日起满一个月的次日至满一年的前一日，这段期间的二倍工资差额，劳动者仍然有权主张，但需要在上述特定的仲裁时效期间内提出。

2. 超过两年未签劳动合同的情形：

   • 如果劳动者在用人单位工作超过两年，且一直未签订书面劳动合同，那么对于用工之日起满一年的次日至实际工作满两年之日这段期间的二倍工资差额，由于已经超过了上述特定的仲裁时效期间（即从用工之日起满一年的次日起计算的一年），劳动者通常无法再通过劳动仲裁主张这部分权益。
   • 但是，这并不意味着劳动者完全无法维权。如果劳动者能够证明用人单位存在故意拖延不签劳动合同、恶意逃避法律责任等情形，或者存在其他特殊情况（如劳动者因不可抗力等原因无法及时主张权益），那么劳动者仍然有可能通过法律途径维护自己的合法权益。

二、可主张的其他权益

即使超过两年未签劳动合同，劳动者仍然可以主张以下权益：

1. 确认劳动关系：

   • 劳动者可以通过劳动仲裁或诉讼确认与用人单位之间存在劳动关系，这是主张其他权益的基础。

2. 要求签订书面劳动合同：

   • 尽管已经超过两年未签劳动合同，但劳动者仍然有权要求用人单位签订书面劳动合同。如果用人单位拒绝签订，劳动者可以据此主张相应的权益。

3. 主张经济补偿或赔偿金：

   • 如果用人单位存在违法解除劳动合同、未依法为劳动者缴纳社会保险费等情形，劳动者有权主张经济补偿或赔偿金。

三、实际操作建议

1. 及时咨询专业律师：

   • 由于劳动仲裁和诉讼涉及复杂的法律程序和证据规则，建议劳动者在遇到相关问题时及时咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。

2. 收集并保存证据：

   • 劳动者应尽可能收集并保存与劳动关系相关的证据，如工资条、工作证、考勤记录等，以便在劳动仲裁或诉讼中证明自己的主张。

3. 注意仲裁时效：

   • 劳动者应密切关注仲裁时效的规定，确保在法定期限内提出仲裁申请或诉讼，以免丧失维权的机会。

总结来说，未签劳动合同超过两年，劳动者仍然可以申请劳动仲裁，但具体可主张的权益和仲裁时效的计算方式需要结合具体情况进行分析。如果你有具体的法律问题或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。