在处理两个孩子（一个三岁、一个一岁）的抚养权问题时，我们首先要明确的是，法律的核心原则是“最有利于未成年子女的身心健康”。这一原则贯穿于整个抚养权判决的过程中，是法院作出裁决的重要依据。
一、基本原则
最有利于未成年子女原则：法院在判决抚养权时，会优先考虑孩子的身心健康和成长需求，确保孩子在一个稳定、有爱的环境中成长。
协商优先：父母双方应首先尝试通过协商来确定抚养权，这有助于减少孩子的心理创伤，并确保双方都能参与到孩子的成长中来。
二、具体判决依据
年龄因素：
- 对于不满两周岁的子女，法律原则上倾向于由母亲直接抚养，因为母亲在孩子的早期成长中通常扮演着更为重要的角色。
- 在您提到的情况中，一个孩子一岁，另一个三岁，因此一岁孩子原则上应由母亲抚养，而三岁孩子的抚养权则需根据具体情况判断。
父母双方的抚养能力和条件：
- 法院会评估父母双方的经济状况、居住环境、教育背景、健康状况等因素，以确定谁更适合抚养孩子。
- 如果一方有久治不愈的传染性疾病或其他严重疾病，或者有抚养条件但不尽抚养义务，法院可能会倾向于将孩子判给另一方。
孩子的意愿：
- 虽然三岁和一岁的孩子可能还无法清晰表达自己的意愿，但如果孩子已经具备了一定的表达能力，法院会尊重其真实意愿。
- 在实际操作中，对于年龄较小的孩子，法院可能会更多地考虑其生活环境和稳定性。
稳定性和连续性：
- 法院会倾向于保持孩子生活环境的稳定性和连续性，避免频繁更换抚养人或生活环境对孩子造成不利影响。
三、实际操作建议
协商解决：
- 父母双方应尽可能通过协商来解决抚养权问题，这有助于减少冲突和矛盾，为孩子创造一个更好的成长环境。
寻求专业帮助：
- 如果双方无法达成一致，可以寻求律师或专业调解机构的帮助，以更专业、更客观地解决抚养权问题。
关注孩子的需求：
- 在整个过程中，父母双方都应始终关注孩子的需求和感受，确保孩子的身心健康和成长不受影响。
四、法律依据
- 根据《中华人民共和国民法典》第一千零八十四条，离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。
综上所述，对于两个孩子（一个三岁、一个一岁）的抚养权问题，法院会综合考虑多种因素来作出裁决。父母双方应尽可能通过协商来解决争议，并始终关注孩子的需求和感受。如果无法达成一致，可以寻求专业帮助来解决问题。