公司拿加班时间调休是否合法，需根据具体的加班时间以及工时制度来判断。以下是对此问题的详细分析：
一、根据加班时间判断
休息日加班
- 根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，应支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。
- 解读：在休息日（如周六、周日）安排劳动者加班后，如果公司选择了安排调休，则是合法的，无需再支付加班费。但如果未安排调休，则需按照不低于劳动者工资百分之二百的标准支付加班工资。
工作日加班
- 《劳动法》明确规定，用人单位安排劳动者延长工作时间的，应支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬。
- 解读：对于工作日（周一至周五）的加班，法律并未赋予公司通过调休来替代支付加班工资的权利。因此，公司必须按照法律规定支付不低于工资百分之一百五十的加班工资，不能以调休作为补偿。
法定休假日加班
- 法定休假日是国家规定的全体公民放假的节日，具有特殊的纪念意义和社会公共属性。
- 根据《劳动法》规定，法定休假日安排劳动者工作的，应支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
- 解读：在法定节假日（如春节、国庆节等）安排劳动者加班，公司必须支付三倍工资，且之后即便安排调休，也不能免除支付三倍工资的责任。因此，在法定休假日加班时，调休是不合法的。
二、根据工时制度判断
标准工时制
- 如前所述，休息日加班可调休，工作日和法定休假日加班则需支付加班费。
综合计算工时制
- 在综合计算周期内，若总实际工作时间未超法定标准，则超时部分视为延长工作时间，应支付加班费；不存在单独调休问题。
- 若在法定休假日工作，应支付不低于工资的百分之三百作为加班费，不能用调休替代。
不定时工时制
- 一般不执行加班工资规定，不存在加班调休问题。
- 部分地区（如上海）对法定休假日加班有特别规定，需按当地法律执行。
三、双方约定与规章制度
- 如果公司与劳动者在劳动合同或相关协议中明确约定了加班可以换算为调休，并且这种换算方式不违反法律法规的强制性规定，那么这种做法是合法的。
- 公司规章制度中应明确规定调休的条件、程序等，且该规章制度需通过职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定，并向劳动者公示或告知。
四、实际操作建议
- 明确约定：公司与劳动者在签订劳动合同时，应明确约定加班和调休的相关事宜，包括适用哪种工时制度、加班费的支付方式、调休的具体安排等，以避免后续纠纷。
- 遵守法规：双方都应严格遵守相关法律法规的规定，确保加班和调休的合法性，维护劳动关系的和谐稳定。
- 及时沟通：如果公司需要安排调休，应事先与劳动者进行沟通协商，确保双方就调休时间、方式等达成一致意见。
总结来说，公司拿加班时间调休是否合法，需根据具体的加班时间、工时制度以及双方约定来判断。在实际操作中，建议公司与劳动者遵循上述建议，以确保加班和调休的合理安排和合法性。如果遇到任何疑问或纠纷，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律意见。