个人专利被企业收购时，公对公交易需通过以下步骤合理合法交税：

1. 明确交易性质与纳税主体
   根据《企业所得税法》及《个人所得税法》，专利收购属于财产转让行为。若个人以专利权作价投资企业（公对公），需按“财产转让所得”缴纳个人所得税，税率为20%；若企业直接支付现金购买专利，则个人为纳税义务人，企业为扣缴义务人。
   关键点：需区分“技术入股”与“现金交易”，前者可能涉及递延纳税政策（如符合条件的技术成果投资入股可分期缴纳所得税）。

2. 税务登记与申报流程

   • 个人端：需向主管税务机关办理临时税务登记（若未登记），并在交易完成后30日内申报个人所得税。申报时需提供专利评估报告、收购协议、企业付款凭证等材料。
     
   • 企业端：作为扣缴义务人，需在支付款项时代扣代缴个人所得税，并在次月15日前向税务机关报送《扣缴个人所得税报告表》。若企业以股权支付部分对价，还需按“非货币性资产投资”处理企业所得税。

3. 合理利用税收优惠政策

   • 技术转让减免：根据《企业所得税法实施条例》，居民企业转让技术所有权所得不超过500万元的部分免征企业所得税，超过部分减半征收。若企业为收购方且符合条件，可申请减免。
     
   • 递延纳税：个人以专利技术入股非上市公司且满足条件（如技术属于国家重点支持领域），可向税务机关备案后，在5年内分期缴纳个人所得税。
     提示：优惠政策需以书面协议明确技术权属转移及对价支付方式，避免税务争议。

4. 公对公交易合规要点

   • 合同条款：收购协议需明确专利权属、对价构成（现金/股权比例）、税费承担方（通常由转让方承担个税，但可协商约定）。
     
   • 评估与定价：专利价值需经专业机构评估，避免低价转让被税务机关核定征税（如按净资产份额或市场法调整）。
     
   • 资金流与发票：企业支付对价需通过银行转账，并要求个人提供合法票据（如税务机关代开的发票或完税凭证）。

风险提示：若企业未履行扣缴义务，可能面临应扣未扣税款50%-3倍罚款；个人未申报纳税则需补缴税款、滞纳金（日万分之五）及0.5-5倍罚款。建议交易前委托税务师对方案进行合规性审查。

如有进一步细节需探讨（如跨境交易、特殊行业专利等），可直接向我咨询。