结论前置：公司只与员工签订用工协议而未签订正式劳动合同，在一般情况下是违法的，但特殊情况下，如果用工协议具备劳动合同的必备条款且能明确双方劳动关系及权利义务，则该协议可视为劳动合同，此时公司行为不违法。
一、一般情况下的违法性分析
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第十条的规定，建立劳动关系时，应当订立书面劳动合同。若已建立劳动关系但未同时订立书面劳动合同，应在用工之日起一个月内补订。这意味着，公司仅与员工签订用工协议而未签订正式劳动合同，违反了法律的明确规定。
违法后果：
- 双倍工资支付：若公司自用工之日起超过一个月不满一年未与员工签订书面劳动合同，需向员工每月支付二倍工资作为补偿。这一规定旨在惩罚公司的违法行为，并保障员工的合法权益。
- 无固定期限劳动合同：若公司自用工之日起满一年仍未与员工签订书面劳动合同，则视为双方已订立无固定期限劳动合同。这为员工提供了更稳定的职业保障，但同时也意味着公司不能随意解除劳动关系。
员工权益保障：
- 即使未签订正式劳动合同，只要发生用工行为并形成劳动关系，员工仍享有劳动法规定的各项权利，如工资支付、社会保险缴纳等。公司也负有相应义务，必须依法保障员工的合法权益。
二、特殊情况下的合法性分析
协议视为劳动合同的条件：
- 如果公司与员工签订的用工协议中包含了《劳动合同法》第十七条规定的所有必备条款，即能明确双方的劳动关系以及各自的权利和义务，那么该协议可以视为有效的劳动合同。在这种情况下，公司行为并不违法。
必备条款内容：
- 必备条款包括但不限于：用人单位的名称、住所和法定代表人信息；劳动者的姓名、住址和身份证件号码；劳动合同期限；工作内容和地点；工作时间和休息休假；劳动报酬；社会保险；劳动保护、条件和职业危害防护等。这些条款是构成劳动合同的基本要素，必须明确且具体。
三、员工权益保护与法律途径
- 员工权利：员工有权要求公司与其签订书面劳动合同，以确保自身权益得到充分保障。如果公司拒绝签订或违反劳动法规定，员工可以通过法律途径来维护自己的合法权益。
- 法律途径：员工可以向劳动监察部门投诉公司的违法行为，或者提起劳动仲裁或诉讼来寻求法律救济。在劳动仲裁或诉讼过程中，员工需要提供相关证据来证明自己的主张，如工资支付凭证、工作证、考勤记录等。
四、实际操作建议
对于员工：
- 在入职时，应主动要求公司签订书面劳动合同，并仔细阅读合同条款，确保自己的权益得到充分保障。
- 如果公司拒绝签订或提供不合理的合同条款，员工应保留相关证据，并及时向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
对于公司：
- 应严格遵守法律规定，及时与员工签订书面劳动合同，并确保合同条款的合法性和合理性。
- 建立健全劳动合同管理制度，加强与员工的沟通与交流，及时解决合同签订过程中可能出现的问题和争议。
综上所述，公司只与员工签订用工协议而未签订正式劳动合同的行为在一般情况下是违法的，但在特定条件下，如果用工协议能够全面反映劳动合同的必备内容并明确双方关系，则可视为有效劳动合同。无论如何，员工都应积极维护自己的合法权益，而公司也应遵守法律规定，确保与员工签订合法有效的劳动合同。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。