结论：是否应当穿透式审查公司的实际性质，这并非一个绝对化的选择，而是需要根据具体情境、目的以及法律规定来综合判断。以下从不同角度对此问题进行分析：

一、穿透式审查的必要性

1. 防范法律风险：在某些情况下，公司的表面结构可能与其实际运营、控制关系存在显著差异。例如，通过复杂的股权结构或关联交易来规避法律责任、税收义务或监管要求。此时，穿透式审查公司的实际性质，有助于揭示其真实的法律关系和责任主体，从而有效防范法律风险。

2. 保护交易安全：在商业交易中，了解交易对方的真实身份和背景至关重要。穿透式审查可以揭示公司背后的实际控制人、关联方以及潜在的利益冲突，有助于交易双方做出更为明智的决策，保护交易安全。

3. 维护市场秩序：对于市场监管者而言，穿透式审查是打击不正当竞争、市场操纵等违法行为的重要手段。通过揭示公司的实际性质，可以及时发现并纠正市场中的违规行为，维护公平、透明的市场秩序。

二、穿透式审查的局限性

1. 成本较高：穿透式审查往往需要投入大量的人力、物力和时间成本。对于小型企业或简单交易而言，可能并不具备进行穿透式审查的可行性和必要性。

2. 隐私保护：穿透式审查可能涉及对公司内部信息、股东隐私等的深入挖掘。在保护个人隐私和企业商业秘密的前提下，如何平衡审查的深度和广度，是一个需要谨慎考虑的问题。

3. 法律边界：穿透式审查并非无限制地深入探究公司的所有细节。在审查过程中，必须严格遵守相关法律法规的规定，尊重公司的合法权益和正当利益。否则，可能构成对公司的非法侵扰或侵犯其合法权益。

三、具体情境下的判断

1. 商业交易：在商业交易中，如果交易对方的公司结构复杂或存在关联交易等情形，建议进行一定程度的穿透式审查，以了解交易对方的真实身份和背景。但审查的深度和广度应根据交易的性质、金额以及风险程度等因素来综合判断。

2. 法律诉讼：在法律诉讼中，如果涉及公司的实际性质问题（如股东资格确认、公司人格否认等），法院可能会根据案件的具体情况要求进行穿透式审查。此时，应遵循法院的指示和要求，配合进行审查工作。

3. 市场监管：市场监管者在履行监管职责时，有权对涉嫌违规的公司进行穿透式审查。但审查应依法进行，遵循正当程序原则，确保审查的合法性和合理性。

建议：在实际操作中，是否进行穿透式审查以及审查的深度和广度应根据具体情况来综合判断。如果你面临相关问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律意见。