在处理单位员工因单位犯罪的问题时，我们需要综合考虑多个方面，包括员工在犯罪中的具体作用、主观故意、配合调查的态度，以及相关的法律法规。以下是对这一问题的详细解答：
一、员工在单位犯罪中的角色与处理
直接负责的主管人员和其他直接责任人员：
- 定义：这些人员通常在单位犯罪中起决定、批准、授意、纵容、指挥等作用，或是具体实施犯罪并起较大作用的人员。
- 处理方式：根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，他们将按照单位犯罪的相关罪名被追究刑事责任。在双罚制下，单位将被判处罚金，而这些人员则可能面临有期徒刑、拘役等刑罚，并处罚金。若他们从单位犯罪中获得了违法所得，还将被追缴或责令退赔。
未参与犯罪或作用较小的员工：
- 未参与犯罪的员工：如果员工对单位犯罪行为完全不知情，且没有实施任何参与犯罪的行为，他们通常不会被追究刑事责任。
- 作用较小的员工：对于虽然参与了单位犯罪但作用较小的员工，如仅按上级要求进行了简单辅助工作，司法实践中可能会不作为犯罪处理或给予从轻、减轻处罚。
被胁迫参与犯罪的员工：
- 如果员工是在受到胁迫的情况下参与单位犯罪的，司法机关将综合考虑其受胁迫的程度、在犯罪中所起的作用等因素，决定是否减轻处罚或者免除处罚。
二、员工的配合调查义务与单位内部处理
配合调查：
- 所有涉及单位犯罪的人员，无论职位高低，都有义务配合司法机关的调查，如实陈述事实，提供线索。这是查清事实、正确适用法律的重要前提。
单位内部处理：
- 对于未直接参与犯罪但存在疏忽或不当行为的一般工作人员，单位内部可能会根据规章制度给予相应的纪律处分，如警告、记过、降职、开除等。
三、单位可能承担的法律责任与员工权益
单位责任：
- 如果员工的犯罪行为构成单位犯罪，单位将根据《中华人民共和国刑法》的相关规定被判处罚金，并可能对直接负责的主管人员和其他直接责任人员判处刑罚。
员工权益：
- 员工因单位犯罪而遭受损失的，有权通过合法途径要求单位进行赔偿。
- 若员工的违法行为与职务相关且给单位造成损失，单位在承担侵权责任后，可以向有故意或者重大过失的工作人员追偿。
四、其他注意事项
追诉时效：
- 对于单位犯罪中员工的刑事责任追究，同样受追诉时效的限制。超过法定追诉时效的，一般不再追究刑事责任。
劳动合同解除：
- 根据《劳动合同法》的相关规定，如果员工被依法追究刑事责任，用人单位可以解除劳动合同。但用人单位在解除劳动合同时，应确保程序合法，并处理好与职工的经济关系。
社会信用影响：
- 员工的犯罪行为会对其个人的社会信用产生负面影响，可能影响其在信贷、出行、就业等方面的权益。
综上所述，单位员工因单位犯罪的处理方式需综合考虑多种因素。对于直接负责的主管人员和其他直接责任人员，将依法严肃处理；对于未参与犯罪或作用较小的员工，则可能给予从轻、减轻或免除处罚。同时，所有员工都应积极配合调查，加强法律意识，遵守法律法规。单位也应依法依规处理员工犯罪问题，确保维护公司和员工的合法权益。