结论前置：负债的自然人在其他公司是股东，且法院已起诉的情况下，其股份是有可能被执行的，但具体能否执行及执行方式需根据债务性质、股份性质及法律规定综合判断。以下从不同角度详细分析：
一、股份的可执行性
股份作为财产权：
- 股东在公司中的股份，本质上是一种财产权，包括分红权、表决权等。在债务纠纷中，如果债务人（即股东）未履行生效法律文书确定的义务，债权人可以依法向法院申请强制执行债务人的财产，包括其在其他公司的股份。
执行依据：
- 法院已起诉并可能作出判决或裁定，确认债务人需承担特定债务。若债务人未履行该判决或裁定，债权人即可依据生效法律文书向法院申请强制执行。
二、执行股份的具体方式
拍卖、变卖股份：
- 法院可以依法对债务人持有的股份进行拍卖或变卖，以所得价款清偿债务。拍卖或变卖过程需遵循相关法律规定，确保公平、公正、公开。
强制转让股份：
- 在某些情况下，法院也可以直接裁定将债务人的股份强制转让给债权人或其他第三人，以清偿债务。这种方式通常需要满足特定条件，如股份易于转让、不影响公司正常经营等。
三、执行股份的限制与例外
股份性质限制：
- 如果债务人持有的股份是限售股、未上市股份或存在其他转让限制，执行时可能受到相应限制。此时，法院需根据具体情况判断是否可以执行及如何执行。
公司章程与股东协议：
- 公司章程或股东协议中可能包含对股份转让的限制性条款，如优先购买权、转让审批等。在执行股份时，法院需考虑这些条款的影响，确保执行行为不违反公司章程或股东协议。
其他债权人利益保护：
- 如果债务人存在多个债权人，且股份价值不足以清偿所有债务，法院需按照法定顺序或比例分配执行所得价款，以保护其他债权人的利益。
四、实际操作建议
了解债务与股份情况：
- 债权人应首先了解债务人的债务性质、金额及股份情况，包括股份类型、数量、价值等，以便制定合适的执行策略。
申请强制执行：
- 在获得生效法律文书后，债权人应及时向法院申请强制执行，并提供债务人财产线索，包括其在其他公司的股份信息。
配合法院执行工作：
- 在执行过程中，债权人应积极配合法院的工作，提供必要协助和证据，确保执行行为顺利进行。
关注执行进展与结果：
- 债权人应关注执行进展和结果，及时与法院沟通并了解执行情况。如遇执行障碍或问题，可及时向法院提出异议或申请复议。
总结与启示：负债的自然人在其他公司是股东且法院已起诉的情况下，其股份是有可能被执行的。但具体能否执行及执行方式需根据债务性质、股份性质及法律规定综合判断。债权人应了解相关法律规定和执行程序，积极配合法院工作，以确保自身权益得到有效保护。如有任何疑问或需要进一步帮助，请直接向我咨询。