差异化收取履约保证金是否合法，需结合具体情况判断，但通常只要符合法律规定和合同约定，就是合法的。以下从不同角度为你详细分析：
一、法律背景与原则
合同自由原则：在民事法律关系中，合同双方享有合同自由，即有权自主约定合同的内容，包括履约保证金的收取方式、金额等。因此，如果合同双方在平等、自愿的基础上，就差异化收取履约保证金达成了一致，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，那么这种约定就是合法的。
公平原则：虽然合同双方享有合同自由，但这种自由并非无限制的。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事主体从事民事活动，应当遵循公平原则，合理确定各方的权利和义务。因此，差异化收取履约保证金时，必须确保这种差异是合理的，不会对一方造成不公平的负担。
二、差异化收取履约保证金的合法性判断
符合合同约定：如果合同中明确约定了差异化收取履约保证金的条款，且该条款是双方真实意思的表示，没有违反法律、行政法规的强制性规定，那么这种差异化收取就是合法的。
不违反法律强制性规定：差异化收取履约保证金时，必须确保不违反法律、行政法规的强制性规定。例如，不能通过差异化收取保证金的方式，规避法律对保证金最高限额的规定，或者对一方进行不合理的歧视。
合理性判断：差异化收取履约保证金时，还需要考虑其合理性。如果差异过大，或者没有合理的依据，可能会被视为不公平的条款，从而面临被撤销或无效的风险。例如，如果因为一方是弱势群体就对其收取过高的履约保证金，而另一方则收取较低的保证金，这种差异就可能被视为不合理。
三、实际操作建议
明确约定：在合同中明确约定差异化收取履约保证金的条款，包括收取的方式、金额、条件等，以确保双方的权益得到保障。
合理设置差异：在设置差异化收取履约保证金时，要确保差异是合理的，有充分的依据支持。例如，可以根据交易风险的大小、交易对方的信用状况等因素来设置差异。
遵守法律法规：在差异化收取履约保证金时，要严格遵守法律、行政法规的强制性规定，不得通过差异化收取的方式规避法律限制或进行不合理的歧视。
举例说明：假设在一个建设工程合同中，发包方根据承包方的信用状况和历史合作记录，对不同的承包方收取不同比例的履约保证金。如果这种差异是基于合理的评估，且合同中有明确约定，同时没有违反法律、行政法规的强制性规定，那么这种差异化收取就是合法的。
如果你在合同纠纷中遇到了差异化收取履约保证金的问题，或者对此有任何疑问，都可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律意见和帮助。