结论：合同甲方已盖章而乙方未盖章时，合同是否作废以及应由哪方处理，并非单纯由甲方或乙方单方面决定，而是取决于合同的具体情况、双方的真实意思表示以及相关法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：

1. 合同成立与生效的基本原则：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同的成立通常需要双方当事人意思表示一致，即达成合意。在书面合同中，这通常表现为双方都在合同上签字或盖章。
   • 若合同中明确约定了“自双方签字或盖章之日起生效”，则乙方未盖章可能导致合同尚未生效。但这并不意味着合同自动作废，而是处于未生效状态，双方仍有权选择是否继续履行或协商修改合同。

2. 乙方未盖章的可能情况及处理：

   • 乙方拒绝盖章：如果乙方明确表示拒绝盖章，即表明其不同意合同内容，此时合同因缺乏双方合意而未能成立或生效。在此情况下，合同实际上已经“作废”，但并非由甲方或乙方单方面“处理”，而是双方协商或根据法律规定处理后续事宜，如返还已支付的款项、赔偿损失等。
   • 乙方未及时盖章：如果乙方因故未及时盖章，但并未表示拒绝，且甲方有理由相信乙方最终会盖章（如乙方已口头同意或正在履行合同部分义务），则合同可能因双方的实际行为而成立或生效。此时，若甲方希望合同尽快生效，可以与乙方沟通催促其盖章；若甲方认为合同已无法继续履行，也可以与乙方协商解除合同。

3. 合同作废的法定情形：

   • 除了双方协商一致解除合同外，合同还可能因法定情形而作废，如合同内容违法、违反公序良俗、一方以欺诈、胁迫手段订立合同等。在这些情况下，合同自始无效，无需双方盖章确认。但需要注意的是，合同作废并不意味着双方无需承担任何责任，而是可能需要根据法律规定承担相应的法律后果。

4. 建议与措施：

   • 沟通协商：在乙方未盖章的情况下，甲方应首先与乙方进行沟通协商，了解乙方未盖章的原因和意图，以便双方共同决定合同的后续处理方式。
   • 书面确认：如果双方就合同的继续履行或解除达成一致意见，建议通过书面形式进行确认，以避免未来可能出现的纠纷。
   • 法律途径：如果双方无法就合同的后续处理方式达成一致意见，甲方可以考虑通过法律途径解决纠纷，如向法院提起诉讼或申请仲裁等。

总结：合同甲方已盖章而乙方未盖章时，合同是否作废以及应由哪方处理并非简单问题。它取决于合同的具体情况、双方的真实意思表示以及相关法律法规的规定。因此，在处理此类问题时，建议双方保持沟通协商，并根据实际情况采取相应的措施。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。