工程合伙人合作协议与甲方是否有关系，这主要取决于合作协议的具体内容以及合作协议与甲方之间的法律联系。以下从几个不同角度进行分析：

1. 合作协议的独立性：

   • 通常情况下，工程合伙人之间的合作协议是合伙人之间就合作事项、权利义务、利润分配等达成的内部协议。这份协议主要约束的是合伙人之间，而不直接涉及第三方，包括甲方。
   • 如果合作协议中没有明确约定与甲方的关系，或者没有甲方作为协议的一方参与，那么合作协议对甲方通常没有直接的法律约束力。

2. 合作协议与甲方的关联：

   • 如果在合作协议中，合伙人明确约定了与甲方的合作方式、责任分担、权利义务等，并且甲方也作为协议的一方签署了合作协议，那么这份合作协议就对甲方具有法律约束力。
   • 另外，如果合作协议中的某些条款或行为直接影响到甲方的权益，比如合伙人之间的合作导致工程延期、质量不达标等，从而损害了甲方的利益，那么甲方可能根据相关法律法规或合同条款，向合伙人主张权利。

3. 合作协议与甲方合同的衔接：

   • 在实际工程中，合伙人（可能是承包商、分包商等）通常会与甲方签订一份独立的工程合同，明确双方的权利义务、工程范围、工期、质量标准等。
   • 合作协议如果与这份工程合同存在衔接或补充关系，比如合作协议中约定了合伙人之间如何分担工程合同中的义务和责任，那么合作协议就间接地与甲方产生了法律联系。在这种情况下，如果合伙人违反了合作协议中的约定，导致工程合同无法履行或履行不符合约定，甲方可能根据工程合同向合伙人主张违约责任。

法律建议：

• 在签订工程合伙人合作协议时，应明确协议的范围和目的，以及是否涉及与甲方的关系。如果涉及与甲方的合作或影响甲方的权益，应在协议中明确约定，并尽可能让甲方作为协议的一方参与签署。
• 如果合作协议与甲方签订的工程合同存在衔接或补充关系，应确保合作协议中的条款与工程合同中的条款相协调一致，避免产生法律冲突或漏洞。
• 在履行合作协议和工程合同过程中，应严格遵守协议和合同的约定，确保工程的质量和进度符合甲方的要求。如果出现问题或纠纷，应及时与甲方沟通协商解决，避免损害甲方的利益和自身的声誉。

如有任何关于工程合伙人合作协议或与甲方关系的法律问题，都可以直接向我咨询。