公司提交虚假材料的认定，通常由市场监督管理部门（原工商行政管理部门）负责。以下从不同角度为你详细分析：
一、认定主体
市场监督管理部门：根据《中华人民共和国公司法》及相关法律法规，市场监督管理部门是负责公司登记、监管及违法行为查处的主体。当公司提交虚假材料时，市场监督管理部门有权进行调查、核实，并作出相应的认定。
其他相关部门：在某些特定情况下，如涉及税务、环保等领域的虚假材料，相关税务、环保等部门也可能在其职责范围内进行认定。但一般而言，公司登记及运营过程中的虚假材料认定，主要由市场监督管理部门负责。
二、认定程序
立案调查：市场监督管理部门在接到举报、投诉或自行发现公司提交虚假材料的情况后，会进行立案调查。调查过程中，会收集相关证据，包括但不限于公司提交的原始材料、相关人员的询问笔录、专家鉴定意见等。
核实证据：市场监督管理部门会对收集到的证据进行核实，确认其真实性、合法性和关联性。如果证据充分，能够证明公司确实提交了虚假材料，那么市场监督管理部门将作出认定。
作出认定：在核实证据的基础上，市场监督管理部门会作出是否认定公司提交虚假材料的决定。如果认定公司提交了虚假材料，将依法对公司进行处罚，如罚款、吊销营业执照等。
三、法律后果
行政处罚：根据《中华人民共和国公司法》及相关法律法规，公司提交虚假材料将面临行政处罚，包括但不限于罚款、警告、责令改正、吊销营业执照等。具体处罚措施将根据违法行为的性质、情节及后果等因素综合确定。
刑事责任：如果公司提交虚假材料的行为构成犯罪，如诈骗罪、伪造公司、企业、事业单位、人民团体印章罪等，那么相关责任人员还将面临刑事责任的追究。
四、建议与提醒
遵守法律法规：公司在运营过程中应严格遵守相关法律法规，确保提交的所有材料真实、合法、有效。避免因提交虚假材料而面临法律风险和声誉损失。
加强内部管理：公司应建立健全内部管理制度，加强对员工的教育和培训，提高员工的法律意识和合规意识。确保员工在办理公司事务时能够严格遵守法律法规和公司规章制度。
及时咨询律师：如果公司对提交材料的真实性、合法性存在疑问或不确定，应及时咨询专业律师的意见。律师将根据公司的具体情况和法律法规要求，为公司提供专业的法律建议和指导。
如果你在公司运营过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据你的具体情况和需求，为你提供专业、全面的法律服务。