农民工作12小时确实违反了劳动法，具体处理方式需根据实际情况分情况讨论：

1. 关于工作时间的规定
   根据《劳动法》第三十六条，劳动者每日工作时间不超过8小时，平均每周不超过44小时。若用人单位安排劳动者每日工作超过8小时，或每周超过44小时，即构成超时加班。农民工每日工作12小时，明显超出法定标准，属于违法行为。

2. 加班时间的限制
   《劳动法》第四十一条规定，用人单位因生产经营需要安排加班，需与工会和劳动者协商，且每日不得超过1小时；特殊原因下每日不得超过3小时，每月累计不得超过36小时。农民工每日工作12小时，即使包含加班时间，也远超法定上限，用人单位需承担违法责任。

3. 违法后果与劳动者权益

   • 加班费支付：根据《劳动法》第四十四条，工作日加班需支付不低于工资150%的加班费，休息日加班且未补休的需支付200%，法定节假日加班需支付300%。若用人单位未支付或未足额支付，劳动者可要求补发。
     
   • 行政处罚：劳动行政部门可责令用人单位限期改正，并处以罚款（如《劳动保障监察条例》第二十五条）。
     
   • 劳动者维权途径：
     
     • 协商：与用人单位沟通，要求调整工作时间或支付加班费。
       
     • 投诉：向当地劳动监察大队举报，由行政部门介入调查。
       
     • 仲裁/诉讼：申请劳动仲裁或向法院起诉，要求确认违法行为并主张赔偿。

4. 特殊情况说明
   若农民工从事的是《劳动法》第三十九条规定的“不定时工作制”或“综合计算工时工作制”岗位（如长途运输、外勤等），需经劳动行政部门批准，且平均日/周工作时间仍需符合法定标准。未经批准或超出平均工时的，仍属违法。

建议行动步骤：

1. 收集证据：保留工资条、考勤记录、工作安排通知等证明超时工作的材料。
   
2. 与用人单位协商，明确要求调整工作时间或支付加班费。
   
3. 若协商无果，向当地劳动监察大队投诉（可拨打12333热线），或申请劳动仲裁。
   
4. 如涉及复杂情况（如未签劳动合同、工资拖欠等），可进一步向我咨询具体维权策略。
   

温馨提示：劳动法旨在保护劳动者权益，超时工作不仅违法，还可能影响健康。勇敢维权是合法权利，我会全力协助您解决相关问题。