结论：银行信用卡欠款6万元逾期超三个月，与银行协商本身不直接构成恶意透支，但需结合具体行为和主观意图来判断是否构成恶意透支。
恶意透支的认定标准
根据《中华人民共和国刑法》及相关司法解释，恶意透支是指持卡人以非法占有为目的，超过规定限额或者规定期限透支，并且经发卡银行两次有效催收后超过三个月仍不归还的行为。具体来说，恶意透支的认定需要满足以下几个条件：
非法占有目的：持卡人透支时或透支后，具有非法占有银行资金的目的。这通常表现为持卡人明知无力偿还，仍大量透支，或透支后逃匿、改变联系方式等逃避银行催收。
超过规定限额或期限透支：持卡人透支的金额超过了银行规定的信用额度，或者透支的时间超过了银行规定的还款期限。
经两次有效催收后超过三个月仍不归还：银行对持卡人进行了两次有效的催收，但持卡人仍未在三个月内归还透支款项。
你的情况分析
逾期金额与期限：你提到欠款6万元，逾期超三个月，这满足了“超过规定期限透支”的条件。但仅凭这一点，并不能直接认定你构成恶意透支。
与银行协商：你正在与银行协商还款事宜，这表明你并没有逃避还款责任，也没有表现出非法占有银行资金的目的。相反，你正在积极寻求解决方案，这有助于证明你并非恶意透支。
主观意图：恶意透支的认定还需要考虑持卡人的主观意图。如果你透支时并无非法占有目的，且因客观原因（如失业、疾病等）导致暂时无法还款，那么你的行为更可能被视为普通的信用卡逾期，而非恶意透支。
法律建议
继续与银行协商：建议你继续与银行保持沟通，积极寻求还款方案。你可以提出分期还款、减免部分利息或费用等合理请求，以减轻还款压力。
保留证据：在与银行协商的过程中，务必保留好相关证据，如通话记录、短信、邮件等。这些证据有助于证明你并非恶意透支，而是在积极寻求解决方案。
避免逃避催收：无论协商结果如何，都不要逃避银行的催收。逃避催收可能会加剧银行对你的不信任，甚至可能导致银行采取法律手段追讨欠款。
咨询专业律师：如果你对恶意透支的认定标准或相关法律程序存在疑问，或者在与银行协商过程中遇到困难，可以向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供专业的法律建议和帮助。
可能的法律后果
如果你最终被认定为恶意透支，可能会面临以下法律后果：
刑事责任：根据透支金额和情节严重程度，你可能被判处五年以下有期徒刑或者拘役，并处二万元以上二十万元以下罚金；数额巨大或者有其他严重情节的，处五年以上十年以下有期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金；数额特别巨大或者有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金或者没收财产。
信用记录受损：恶意透支还会对你的个人信用记录造成严重影响，可能导致你未来在贷款、信用卡申请等方面遇到困难。
因此，我建议你务必重视信用卡逾期问题，积极与银行协商解决方案，避免构成恶意透支。如有需要，可以随时向我咨询。