结论：三年前的流水是否会被追查，取决于多个因素，包括流水的性质、涉及的法律关系、是否已过诉讼时效以及是否存在特殊情况等。以下是对这些因素的详细分析：
流水的性质与涉及的法律关系：
- 如果流水涉及的是一般的民事交易，如正常的商业往来、个人借贷等，且没有涉及违法犯罪行为，那么通常情况下，过了三年后，除非有新的证据或情况出现，否则一般不会被主动追查。
- 如果流水涉及的是违法犯罪行为，如洗钱、诈骗、逃税等，那么无论过了多久，都有可能被相关部门追查。因为违法犯罪行为不受诉讼时效的限制，且相关部门有义务和责任进行调查和追责。
诉讼时效的问题：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，一般的民事纠纷诉讼时效期间为三年。这意味着，如果权利人在三年内没有向法院提起诉讼或申请仲裁，那么其权利可能不再受法律保护。但需要注意的是，诉讼时效的计算和中断等情形可能因具体情况而异，且存在特殊规定（如最长诉讼时效期间为二十年）。
- 对于涉及违法犯罪的流水，由于不适用诉讼时效的规定，因此无论过了多久，都有可能被追查。
特殊情况的存在：
- 如果存在新的证据或情况出现，如发现了新的违法犯罪线索、涉及重大公共利益等，那么即使过了三年，相关部门也有可能对流水进行追查。
- 另外，如果流水涉及的是跨境交易或涉及多个司法管辖区，那么追查的难度和时间可能会更长。
法律建议：
- 如果您对三年前的流水存在疑虑或担忧，建议您首先回顾流水的性质和涉及的法律关系，以判断是否存在被追查的风险。
- 如果您认为流水可能涉及违法犯罪行为，或者您担心流水可能被用于非法目的，建议您立即向相关部门报告，并配合调查。
- 如果您只是对流水的合法性或合规性存在疑问，且没有涉及违法犯罪行为，那么您可以考虑咨询专业的法律人士或财务顾问，以获取更具体的建议和指导。
可能后果：
- 如果流水被追查并确认存在违法犯罪行为，那么相关责任人可能会面临法律制裁，包括罚款、没收违法所得、刑事处罚等。
- 如果流水被追查但确认没有违法犯罪行为，那么相关责任人通常不会面临法律制裁，但可能需要配合调查并提供相关证据。
总之，三年前的流水是否会被追查取决于多个因素。如果您对此存在疑虑或担忧，建议您根据上述分析进行自我评估，并在必要时咨询专业的法律人士或财务顾问。如有任何法律问题，也可以直接向我咨询。