在违纪违法案件中发现新犯罪问题，若处理不了，一般不可以直接结案。以下从不同角度进行详细分析：
一、案件处理的基本原则
在违纪违法案件的调查过程中，如果发现新的犯罪问题，调查机关应当遵循全面、客观、公正的原则，对新发现的犯罪问题进行深入调查。这是因为，每一个犯罪行为都应当受到法律的制裁，不能因为调查过程中的困难或复杂而轻易放弃对新犯罪行为的追究。
二、新犯罪问题的处理方式
并案处理：
- 如果新发现的犯罪问题与原违纪违法案件有密切关联，如涉及同一主体、同一事实或同一法律关系，调查机关通常会考虑将新犯罪问题与原案件并案处理。
- 并案处理有助于全面查清事实，提高诉讼效率，确保案件处理的公正性和一致性。
分案处理：
- 如果新发现的犯罪问题与原违纪违法案件关联不大，或者涉及不同的法律关系、不同的犯罪主体，调查机关可能会考虑将新犯罪问题分案处理。
- 分案处理可以确保每个案件都能得到充分的调查和审理，避免案件之间的相互干扰和影响。
三、结案的条件与限制
结案条件：
- 结案通常意味着案件已经查清事实，证据确实充分，可以依法作出处理决定。
- 在违纪违法案件中发现新犯罪问题后，如果调查机关认为新犯罪问题尚未查清或证据不足，就不能轻易结案。
限制因素：
- 法律对结案有严格的规定和程序要求，调查机关必须遵守这些规定和程序，不能随意结案。
- 如果新犯罪问题涉及重大、复杂或疑难案件，调查机关可能需要更长时间进行调查和审理，以确保案件处理的公正性和准确性。
四、法律后果与责任追究
法律后果：
- 如果调查机关在发现新犯罪问题后未经充分调查就轻易结案，可能导致新犯罪行为得不到应有的制裁，损害法律的权威性和公正性。
- 同时，这也可能引发公众对司法公正性的质疑和不满，影响司法机关的形象和信誉。
责任追究：
- 如果调查机关在处理新犯罪问题时存在违法行为或不当行为，如徇私枉法、玩忽职守等，相关责任人员可能面临法律责任的追究。
- 这包括行政处分、刑事责任等，具体取决于违法行为的性质和情节严重程度。
五、实际操作中的建议
加强沟通协调：
- 调查机关在发现新犯罪问题后，应及时与相关部门和人员进行沟通协调，明确处理方式和责任分工。
- 这有助于确保案件处理的顺利进行和高效完成。
依法履行职责：
- 调查机关应依法履行职责，对新犯罪问题进行全面、客观、公正的调查和审理。
- 在调查过程中，应严格遵守法律程序和规定，确保案件处理的合法性和有效性。
寻求专业支持：
- 如果调查机关在处理新犯罪问题时遇到困难或复杂情况，可以寻求专业律师或法律专家的支持和帮助。
- 他们可以提供专业的法律意见和建议，帮助调查机关更好地处理案件。
若在违纪违法案件中发现新犯罪问题且处理不了，调查机关应继续深入调查，确保案件得到全面、公正的处理，而不能直接结案。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。