您好，关于您提出的“有烟草证运输香烟超过50条怎么处罚”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，需要明确的是，即使持有烟草证，运输香烟的数量也受到严格限制。在中国，个人异地携带卷烟的最高限量为每人次1万支，即50条。若运输数量超过此限量，将可能面临法律处罚。
一、行政处罚
没收与罚款：
- 若您运输的香烟数量超过50条，且未持有有效的准运证或超出准运证规定的数量，烟草专卖行政主管部门将有权没收违法运输的烟草专卖品和违法所得。
- 同时，根据违法运输的烟草专卖品价值，您还可能面临20%至50%的罚款。若涉及的总金额较大，罚款比例和金额会相应增加。
异地携带限制：
- 异地携带卷烟超过50条，即构成超限量携带行为，将受到上述行政处罚。
二、刑事处罚（若情节严重）
非法经营罪：
- 若您没有合法有效的准运证等手续，大量运输烟草专卖品，且扰乱市场秩序，情节严重的，可能涉嫌非法经营罪。
- 根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，非法经营罪可处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处违法所得一倍以上五倍以下罚金；情节特别严重的，处五年以上有期徒刑，并处违法所得一倍以上五倍以下罚金或者没收财产。
走私罪（若涉及逃避海关监管等行为）：
- 若您在运输过程中存在逃避海关监管、偷逃应纳税款等走私行为，且运输的香烟数量较大，将可能触犯走私罪。
- 走私罪的刑罚根据偷逃应缴税额的多少和情节的严重程度而定，包括有期徒刑、拘役和罚金等。
三、其他注意事项
准运证要求：
- 托运或自运烟草专卖品必须持有准运证，且数量不得超过准运证规定的数量。无准运证或超量运输将面临罚款等处罚。
地区差异：
- 具体的处罚标准可能因地区差异而有所不同。烟草专卖行政主管部门在进行处罚时会依据相关证据和法律程序进行判定。
总结与建议：
为了避免法律风险和经济损失，我建议您在运输香烟时务必严格遵守相关法律法规，确保运输数量不超过规定的限量，并持有有效的准运证。若您对具体的法律规定或处罚标准有疑问，建议及时咨询当地烟草专卖行政主管部门或专业律师，以获取更准确和详细的解答。