关于医院合作科室是否合法的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要根据具体情况和相关法律法规来综合判断。
首先，从国家卫生健康委员会发布的相关政策来看，确实存在鼓励医疗机构之间进行合作，以优化资源配置、提高医疗服务效率的情况。例如，国家卫生健康委员会曾发布通知，允许医疗机构在保障医疗质量安全的前提下，委托独立设置的医学检验实验室、病理诊断中心、医学影像诊断中心、医疗消毒供应中心或者有条件的其他医疗机构提供相关服务。这种合作模式在特定条件下是被允许的，甚至是被鼓励的。
然而，这并不意味着所有形式的医院合作科室都是合法的。以绵阳某医院对外出租、承包科室的案例为例，该医院因向某公司出租、承包中医科室，并允许该公司聘用人员在该院中医科开展中医诊疗服务，最终受到了卫生健康局的行政处罚。这个案例明确表明，如果医院合作科室的方式违反了相关法律法规，如未经批准擅自出租、承包科室，或者合作过程中存在管理混乱、医疗质量安全无法保障等问题，那么这种合作就是不合法的。
那么，如何判断医院合作科室是否合法呢？我认为可以从以下几个方面进行考虑：
合作方式是否符合法律法规：医院合作科室必须遵守国家相关法律法规，如《医疗机构管理条例》等。合作方式必须经过相关部门的批准和备案，确保合作的合法性和合规性。
医疗质量安全是否得到保障：医院合作科室必须确保医疗质量安全，不能因为合作而降低医疗服务标准或忽视患者安全。合作双方应建立完善的质量管理体系和风险防控机制，确保医疗服务的连续性和稳定性。
管理是否规范：医院合作科室应建立规范的管理制度，包括人员管理、财务管理、药品管理等。合作双方应明确各自的责任和义务，确保合作过程中的管理有序和高效。
是否损害患者利益：医院合作科室应以患者为中心，确保患者的合法权益得到保障。合作过程中不能存在损害患者利益的行为，如乱收费、过度医疗等。
综上所述，医院合作科室的合法性取决于多个因素，包括合作方式、医疗质量安全、管理规范以及是否损害患者利益等。因此，在判断医院合作科室是否合法时，需要综合考虑这些因素，并依据相关法律法规进行判断。如果您对具体的合作科室有疑问或担忧，建议咨询当地卫生健康行政部门或专业法律人士以获取更准确的解答。