结论：判决中涉及股权但未申请股权变更的，一般不可以直接在工商进行股份变更，但可以通过法律程序申请强制执行，进而完成工商变更。以下是对此问题的详细分析：

一、判决与股权变更的关系

1. 判决的法律效力：当法院作出关于股权的判决时，该判决具有法律效力，对当事人产生约束力。判决中确定的股权归属或变更，是法律上的确认和保障。
2. 股权变更的登记：根据《公司法》及相关规定，股权变更需要在工商行政管理部门进行登记，以产生对外公示的效力。未经登记，不得对抗善意第三人。

二、判决未申请股权变更的情况

1. 未申请变更的原因：可能由于当事人未及时履行判决、对判决内容有异议或存在其他法律障碍，导致股权变更未在工商进行登记。
2. 未申请变更的后果：未进行工商变更登记，股权的变更在法律上可能未产生对外公示的效力，即第三人可能不知情该股权的变更情况。但这并不影响判决本身的法律效力，判决确定的股权归属或变更在当事人之间仍然有效。

三、如何在工商进行股份变更

1. 申请强制执行：如果判决已经生效，但当事人未履行判决确定的股权变更义务，另一方当事人可以向法院申请强制执行。法院在受理强制执行申请后，会依法采取措施，包括但不限于查封、扣押、拍卖等，以强制当事人履行判决。
2. 工商变更登记：在强制执行过程中，如果涉及股权变更，法院会出具相关法律文书（如执行裁定书、协助执行通知书等），要求工商行政管理部门协助办理股权变更登记。此时，当事人可以凭这些法律文书到工商行政管理部门办理股权变更登记手续。

四、特殊情况下的处理

1. 判决内容不明确：如果判决中关于股权变更的内容不明确或存在争议，当事人可能需要先通过法律程序（如申请再审、提起诉讼等）明确判决内容，然后再进行工商变更登记。
2. 其他法律障碍：如果存在其他法律障碍（如股权被冻结、查封等），当事人需要先解决这些法律障碍，然后再进行工商变更登记。

建议：如果你面临判决中涉及股权但未申请股权变更的情况，建议及时咨询专业律师，了解具体的法律程序和操作步骤。律师可以根据你的具体情况，为你提供针对性的法律建议和帮助，确保你的权益得到保障。如果你有任何法律问题，都可以直接向我咨询，我会尽我所能为你提供专业的法律服务。