当抵押车的车主被法院执行时，整个流程会严格遵循法律程序，以确保所有相关方的合法权益得到妥善处理。以下是对这一问题的详细解答：
一、法院执行权与抵押权的关系
首先，需要明确的是，即使车辆已经设定了抵押权，法院仍然有权根据债权人的申请对车辆采取查封、扣押等执行措施。抵押权仅代表债权人享有的一种优先受偿权，它并不妨碍法院对债务人的财产进行合法执行。在执行过程中，法院会充分考虑抵押权的存在，确保不会损害抵押权人的合法权益。
二、执行条件与前提
- 生效法律文书：必须存在已生效的民事判决、裁定或其他具有强制执行效力的法律文书，明确债务人需履行还款义务且未履行。
- 抵押权设立：车辆已依法办理抵押登记，抵押权人（通常为债权人）对车辆享有优先受偿权。
三、执行流程
申请执行：
- 债权人向法院提交强制执行申请书，附上生效法律文书及抵押登记证明等材料。
- 法院审查材料后立案，并向债务人发出执行通知书，要求其履行还款义务。
财产调查与控制：
- 法院通过车管所等渠道查询车辆的权属状态，核实抵押信息。
- 若车辆未被其他法院查封，法院可立即采取查封措施，限制车辆过户或设定新抵押。
评估与拍卖：
- 查封后，法院会委托专业机构对车辆进行价值评估。
- 通过司法拍卖平台公开拍卖车辆，优先清偿抵押担保债权。若车辆流拍，可能以物抵债或降价进行二次拍卖。
款项分配：
- 拍卖所得款项首先用于支付评估费、拍卖佣金等执行费用。
- 剩余款项按法定顺序清偿：先抵充抵押担保债权的本金及利息，再处理其他普通债权。
解除抵押与交付：
- 债权受偿后，法院会通知抵押权人协助办理解除抵押手续。
- 车辆所有权转移至买受人，法院出具裁定书确认权属变更。
四、特殊情形处理
首封法院与优先债权法院冲突：
- 若其他法院先行查封了车辆，优先债权法院可商请移送执行权；协商不成则逐级报共同上级法院协调。
车辆下落不明：
- 申请执行人需提供线索协助查找车辆，法院可采取悬赏公告等措施定位车辆。
案外人异议：
- 若第三人主张对车辆的权利，可通过执行异议程序解决，必要时启动异议之诉进行审理。
五、法律保障与异议处理
在整个执行过程中，如果抵押权人或其他相关方认为法院的执行行为侵犯了其合法权益，均有权向法院提出异议或申请复议。债务人也有义务积极配合法院的执行工作，不得阻碍或干扰执行程序的正常进行。
六、建议与注意事项
- 及时沟通：债务人应积极与债权人沟通，尝试达成和解或分期还款协议，以避免车辆被执行。
- 保留证据：债务人应保留好与车辆抵押、还款相关的所有证据，以备不时之需。
- 法律咨询：在面临执行时，债务人可寻求专业法律咨询，了解自身权益和应对策略。
综上所述，抵押车的车主被法院执行时，整个流程会严格遵循法律程序，确保各方当事人的合法权益得到充分保障。债务人应积极配合执行工作，同时也可寻求法律帮助以维护自身权益。