有限责任公司自然人独资偷税的处理需分情况讨论，核心结论如下：

1. 税务机关的行政处理程序
   根据《税收征收管理法》第六十三条，偷税行为首先由税务机关启动行政程序：

   • 补缴税款与滞纳金：税务机关将追缴少缴的税款，并从税款滞纳之日起按日加收万分之五的滞纳金；
     
   • 行政罚款：对偷税金额处以0.5倍至5倍的罚款（具体比例根据情节严重程度确定）；
     
   • 强制执行措施：若企业未在规定期限内缴纳税款及罚款，税务机关可采取冻结银行账户、查封财产等强制措施。
     

2. 刑事责任追究条件
   若偷税行为同时满足以下条件，可能构成《刑法》第二百零一条的逃税罪：

   • 数额标准：偷税数额占应纳税额10%以上且超过10万元，或因偷税受过两次行政处罚后又偷税的；
     
   • 责任主体：自然人独资公司的唯一股东作为直接责任人，需承担刑事责任；
     
   • 例外情形：若在税务机关下达追缴通知后，企业及时补缴税款、滞纳金并接受行政处罚，可不予追究刑事责任（但五年内因逃避缴纳税款受过刑事处罚或被税务机关给予两次以上行政处罚的除外）。
     

3. 企业与股东的连带责任风险

   • 公司财产独立原则：若股东能证明公司财产独立于个人财产（如通过年度审计报告、财务制度规范等），原则上仅以公司资产承担责任；
     
   • 法人人格否认情形：若股东存在财产混同（如个人账户收取公司款项、公司资金用于个人消费等），可能被认定为“刺破公司面纱”，股东需对公司债务（包括偷税产生的罚款）承担连带责任。
     

实务建议：

• 若企业已收到税务机关的《税务处理决定书》或《税务行政处罚决定书》，建议在15日内申请行政复议或6个月内提起行政诉讼，避免进入强制执行程序；
  
• 若涉嫌逃税罪，股东应主动配合税务机关调查，争取在刑事立案前补缴税款及滞纳金，以阻断刑事责任风险；
  
• 日常经营中需严格区分公司财产与股东个人财产，保留完整财务记录，避免因财产混同导致连带责任。
  

如有具体案件细节（如偷税金额、税务机关处理阶段等），可进一步向我说明，我将结合证据材料提供针对性方案。