员工犯错时，公司对其进行罚款在多数情况下是不合法的。以下是对此问题的详细分析以及公司应采取的更合适处理方式：
一、罚款行为的合法性分析
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，除非有特定法定情形，否则公司不得随意克扣员工工资。
- 《工资支付暂行规定》第十六条允许因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失时，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，但扣除部分有严格限制，且不得低于当地月最低工资标准。
- 自2008年《企业职工奖惩条例》废止后，企业直接对劳动者进行罚款失去了直接的法律依据。
罚款与行政处罚：
- 罚款属于行政处罚的一种，只能由具有行政处罚权的行政机关或法律法规授权的组织实施。企业并非行政机关，不具备行政处罚权，因此无权对员工进行罚款。
罚款与赔偿的区别：
- 罚款是惩罚性措施，而赔偿是因员工行为给单位造成损失时依法应承担的经济责任。公司可以要求员工赔偿因其过错造成的经济损失，但不能以罚款名义克扣工资。
二、公司应采取的更合适处理方式
通过绩效考核扣分：
- 公司可以将员工的违规行为纳入绩效考核体系，通过扣分影响绩效奖金等方式进行管理。这种方式既体现了对员工行为的约束，又避免了直接罚款的合法性问题。
要求员工承担直接损失：
- 若员工因故意或重大过失导致公司损失，公司可要求其承担相应赔偿责任。但需注意，赔偿金额和扣除方式需符合法定条件和程序，如每月扣除部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
解除劳动合同：
- 对于严重违反规章制度的员工，公司可依据《劳动合同法》第三十九条解除劳动关系。这是公司对员工违规行为最严厉的处理方式，但需确保解除合同的合法性和合理性。
加强培训和教育：
- 公司可以通过加强培训和教育，提高员工的业务水平和职业素养，减少因员工犯错而给公司带来的损失。这种方式既体现了公司对员工的关怀，又有助于提升公司的整体运营效率。
三、注意事项与维权途径
- 公司在实施任何形式的扣款或赔偿要求时，应确保其行为符合法律法规，避免侵犯劳动者的合法权益。
- 员工若认为公司的罚款或扣款行为不合法，首先可以尝试与公司协商解决；协商不成时，可以向劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
综上所述，员工犯错时公司对其进行罚款在多数情况下是不合法的。公司应采取更合适的处理方式，如通过绩效考核扣分、要求员工承担直接损失、解除劳动合同或加强培训和教育等，来维护公司的利益和员工的权益。