原鉴定结论存在瑕疵，在问题整改后，一般不能直接使用原鉴定结论。以下从几个方面为你详细分析：

鉴定结论瑕疵的性质与影响

鉴定结论作为证据的一种，其真实性和准确性对于案件的公正处理至关重要。如果原鉴定结论存在瑕疵，比如鉴定程序违法、鉴定方法不科学、鉴定依据不足等，那么这份鉴定结论的证明力就会受到质疑。在法律上，证据必须满足真实性、合法性和关联性的要求，才能被采纳为定案的依据。因此，瑕疵鉴定结论很可能无法被法院或仲裁机构采纳，从而影响案件的判决结果。

问题整改后的处理方式

1. 重新鉴定：如果原鉴定结论存在严重瑕疵，且这些瑕疵无法通过补充说明或修正来消除，那么通常需要重新进行鉴定。重新鉴定可以确保鉴定结论的准确性和公正性，为案件的公正处理提供有力支持。在重新鉴定时，应确保鉴定程序合法、鉴定方法科学、鉴定依据充分，以避免再次出现瑕疵。
2. 补充鉴定或修正：如果原鉴定结论的瑕疵相对较轻，且可以通过补充说明或修正来消除，那么可以考虑进行补充鉴定或修正。但需要注意的是，补充鉴定或修正必须在原鉴定机构或鉴定人的主持下进行，且应确保补充或修正的内容与原鉴定结论相一致，不会引入新的争议点。

直接使用原鉴定结论的风险

1. 证据效力受限：如前所述，瑕疵鉴定结论的证明力会受到质疑，直接使用可能导致证据效力受限，无法充分支持你的主张。
2. 案件处理不利：在诉讼或仲裁过程中，如果对方对原鉴定结论提出异议，且法院或仲裁机构认为异议成立，那么直接使用原鉴定结论可能会导致案件处理不利，甚至可能承担败诉的风险。
3. 法律责任风险：如果明知鉴定结论存在瑕疵仍坚持使用，并因此导致对方遭受损失，那么你可能需要承担相应的法律责任，如赔偿损失等。

建议与措施

1. 及时沟通：如果你发现原鉴定结论存在瑕疵，应及时与鉴定机构或鉴定人沟通，了解瑕疵的具体情况，并协商解决方案。
2. 申请重新鉴定或补充鉴定：根据瑕疵的性质和影响程度，及时向法院或仲裁机构申请重新鉴定或补充鉴定，以确保鉴定结论的准确性和公正性。
3. 咨询专业律师：在处理鉴定结论瑕疵问题时，建议咨询专业律师的意见。律师可以根据你的具体情况和案件需求，为你提供针对性的法律建议和解决方案。

综上所述，原鉴定结论存在瑕疵时，问题整改后一般不能直接使用原鉴定结论。为了确保案件的公正处理和自身权益的保障，建议你及时与鉴定机构沟通、申请重新鉴定或补充鉴定，并咨询专业律师的意见。如果你有任何法律问题或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。