结论：合同中约定了仲裁条款后，一般情况下，当事人不能直接向法院起诉，而应按照仲裁协议将争议提交给约定的仲裁机构进行裁决。但在特定法定情形下，如仲裁协议无效、仲裁裁决被撤销或不予执行等，当事人可以向法院提起诉讼。
1. 仲裁协议的有效性及其影响
有效性：仲裁条款是双方协商将争议交特定仲裁机构裁判的协议，具有法律约束力。一旦合同双方选择了仲裁作为争议解决方式，就意味着放弃了通过法院诉讼的权利。有效的仲裁协议具有排除法院管辖权的效力，法院通常不会受理有合法有效仲裁协议的案件。
无效性：然而，仲裁协议并非绝对有效。根据《仲裁法》的相关规定，若仲裁协议存在以下情形之一，将被认定为无效：约定的仲裁事项超出法律规定的仲裁范围（如涉及婚姻、收养、监护、抚养、继承等纠纷）；无民事行为能力人或限制民事行为能力人订立的仲裁协议；一方采取胁迫手段迫使对方订立仲裁协议等。当仲裁协议被认定无效时，当事人有权向有管辖权的法院提起诉讼。
2. 仲裁裁决的撤销或不予执行
仲裁裁决作出后，并非终局。如果当事人有证据证明该裁决存在法定可撤销或不予执行的情形（如没有仲裁协议、裁决的事项不属于仲裁协议的范围或仲裁委员会无权仲裁、仲裁庭的组成或仲裁程序违反法定程序等），可以向法院申请撤销仲裁裁决或申请不予执行仲裁裁决。
若仲裁裁决被法院撤销或不予执行，当事人可以就该纠纷向法院提起诉讼，以寻求司法救济。
3. 放弃仲裁协议的情形
4. 实务操作建议
在处理涉及仲裁协议的纠纷时，当事人应首先审查仲裁协议的有效性。若仲裁协议有效，则应依约通过仲裁解决纠纷；若仲裁协议无效或存在其他特定情形（如仲裁裁决被撤销或不予执行、双方放弃仲裁协议等），则可以考虑向法院提起诉讼。
同时，建议当事人在签订合同时仔细审查仲裁条款，确保其真实意愿的表达，并在发生纠纷时严格按照仲裁协议的约定行事。如果遇到复杂或不确定的法律问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供准确的法律意见和指导。
总结：合同中约定了仲裁条款后，当事人应遵守仲裁协议的约定，通过仲裁解决纠纷。但在特定法定情形下，如仲裁协议无效、仲裁裁决被撤销或不予执行等，当事人仍有向法院提起诉讼的权利。在处理这类纠纷时，务必谨慎审查仲裁协议的有效性，并根据实际情况选择合适的争议解决方式。