结论：在工程施工纠纷法院判决后，若施工单位不提交施工档案资料，建设单位可以采取多种法律手段来维护自身权益，包括申请强制执行、提起新的诉讼要求赔偿损失或履行义务，以及向相关部门投诉举报等。
详细分析：
申请强制执行：
- 法律依据：根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，如果施工单位在判决生效后拒不履行提交施工档案资料的义务，建设单位可以向法院申请强制执行。
- 执行措施：法院在受理强制执行申请后，可以采取多种执行措施，如查封、扣押、拍卖施工单位的相关财产，或者对施工单位进行罚款、拘留等处罚，以迫使其履行义务。
- 注意事项：建设单位在申请强制执行时，需要提供充分的证据证明施工单位未履行义务，并按照法院的要求提交相关申请材料。
提起新的诉讼：
- 赔偿损失：如果施工单位不提交施工档案资料给建设单位造成了经济损失，建设单位可以依据《中华人民共和国民法典》中关于侵权责任的规定，向法院提起诉讼，要求施工单位赔偿损失。
- 履行义务：建设单位也可以单独提起诉讼，要求施工单位履行提交施工档案资料的义务。在这种情况下，法院会判决施工单位在规定期限内提交相关资料。
- 诉讼准备：在提起新的诉讼前，建设单位需要收集并整理好相关证据，如合同、判决文书、损失证明等，以支持其诉讼请求。
向相关部门投诉举报：
- 投诉渠道：建设单位还可以向当地的建设行政主管部门或档案管理部门投诉举报施工单位不提交施工档案资料的行为。
- 处理结果：相关部门在受理投诉后，会进行调查核实，并根据情况对施工单位进行行政处罚或责令其改正。
- 协同作用：投诉举报可以与法律诉讼相结合，形成对施工单位的双重压力，促使其尽快履行义务。
建议与提醒：
- 保留证据：在整个过程中，建设单位应妥善保留与施工单位之间的合同、往来函件、判决文书等相关证据，以备不时之需。
- 及时沟通：在采取法律手段之前，建设单位可以尝试与施工单位进行沟通协商，看是否能够通过友好方式解决问题。
- 专业咨询：由于法律程序复杂且涉及专业法律知识，建议建设单位在采取行动前咨询专业律师的意见，以确保自身权益得到充分保障。
后续行动：
- 如果建设单位决定采取法律手段维护自身权益，应及时向法院提交相关申请材料或起诉状，并按照法院的要求参与诉讼程序。
- 在诉讼过程中，建设单位应积极配合法院的工作，提供必要的证据和协助，以加快案件的审理进度。
- 如果施工单位在诉讼过程中或判决后履行了义务，建设单位应及时确认并结束相关法律程序。