结论：小轻卡改装后箱非营运时，保险公司是否赔偿需分情况讨论，主要取决于改装是否合法合规、是否履行了告知义务以及保险条款的具体约定。以下为详细分析：

1. 改装合法性对理赔的影响
   根据《道路交通安全法》第十六条，任何单位或个人不得擅自改变机动车已登记的结构、构造或特征。若改装后箱未依法办理变更登记（如未到车管所备案），则属于非法改装。此时发生事故，保险公司可能依据《保险法》第五十二条主张免责，拒绝赔偿。
   例外情形：若改装仅涉及非结构件（如加装工具箱、更换非承重面板），且未影响车辆安全性能，部分法院可能认定不属于“非法改装”，保险公司仍需理赔。但需结合具体改装内容及地方司法实践判断。

2. 告知义务的履行情况
   若改装合法，但车主未在投保时如实告知保险公司改装情况，根据《保险法》第十六条，保险公司有权解除合同或拒绝赔偿。
   关键点：车主需证明已通过书面、口头或系统勾选等方式履行告知义务，且保险公司未提出异议或增加保费。若保险公司未在合同中明确询问改装事项，可能被认定为未尽到提示义务，需承担赔偿责任。

3. 保险条款的具体约定
   需重点审查保险合同中“责任免除”条款：

   • 若条款明确约定“车辆改装导致事故损失不赔”，且保险公司已用加粗、加黑等方式提示，则可能免责；
     
   • 若条款未明确提及改装，或仅笼统约定“违反法律导致损失不赔”，则需结合前两点分析改装是否属于“违法”及是否与事故存在因果关系。
     提示：部分商业险条款可能约定“非营运车辆从事营运活动不赔”，但您的问题已明确“非营运”，故需关注其他免责情形。

4. 事故与改装的因果关系
   即使改装合法且已告知，若事故直接由改装行为导致（如后箱加固不足导致货物坠落砸伤他人），保险公司可能主张“改装部分损失不赔”，但需证明改装与事故的直接关联性。若事故与改装无关（如正常行驶中发生碰撞），则保险公司通常需理赔。

建议：

1. 立即检查改装是否合法，若未备案，尽快到车管所办理变更登记；
   
2. 梳理投保时的告知记录（如投保单、聊天记录等），保留证据；
   
3. 仔细阅读保险合同，重点标记“责任免除”条款；
   
4. 若发生事故，第一时间报案并保留现场证据，避免自行承认改装与事故的关联性。
   

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