结论：轻卡投保营运险后，若车辆超吨发生事故，保险公司是否赔付需分情况讨论，主要取决于保险条款约定、超吨与事故的因果关系以及是否存在免责情形。以下为具体分析：

1. 保险条款的明确约定
   营运险的保险合同中通常会明确约定“超载、超限”等情形属于免责范围。若条款中明确载明“车辆超吨发生事故，保险公司不承担赔偿责任”，且保险公司已对投保人履行了提示和明确说明义务（如加粗字体、投保人签字确认等），则保险公司有权拒赔。
   法律依据：根据《保险法》第17条，保险公司对免责条款需尽到提示和说明义务，否则条款不生效。但实务中，超吨属于法律禁止性行为（如《道路交通安全法》第48条禁止超载），保险公司仅需提示即可，说明义务可适当减轻。

2. 超吨与事故的因果关系
   即使保险条款未明确排除超吨情形，若保险公司能证明超吨是事故发生的直接原因或主要原因（如超吨导致刹车失灵、车辆失控等），则可能依据“近因原则”拒赔。
   举例：若事故因超吨导致车辆重心偏移侧翻，保险公司可主张超吨与事故存在直接因果关系，从而拒赔；但若事故是因第三方违规变道引发，超吨仅是背景因素，则保险公司仍需赔付。

3. 保险公司是否尽到核保义务
   若保险公司未在投保时对车辆载重情况进行核验（如未核查行驶证核定载质量），或明知车辆超吨仍承保，可能被认定为“放弃抗辩权”，后续不得以超吨为由拒赔。
   实务要点：投保人可留存投保时的沟通记录（如微信、邮件），证明保险公司未履行核保义务，作为后续维权依据。

4. 超吨的违法性对赔付的影响
   超吨属于行政违法行为，可能面临交警处罚（如罚款、扣分），但行政违法不直接导致保险合同无效。保险公司需基于合同约定和事故因果关系主张免责，而非单纯以“违法”为由拒赔。
   例外情形：若超吨导致车辆被依法扣留、吊销运营资格等，可能间接影响保险赔付（如车辆处于非法运营状态时发生事故）。

建议行动：

1. 立即核查保险合同中的“免责条款”部分，确认是否明确排除超吨情形；
   
2. 收集事故认定书、现场照片、车辆载重记录等证据，证明超吨与事故的关联性；
   
3. 若保险公司拒赔，可向当地银保监会投诉或直接起诉，主张保险公司未尽到提示义务或超吨非事故主因；
   
4. 后续运营中严格遵守载重规定，避免因小失大（超吨罚款可能低于保险拒赔损失）。
   

如有进一步证据或合同条款细节，可直接提供，我将结合具体情形分析赔付概率。