二审法院通常会裁定撤销原判，发回原审人民法院重新审判。具体分析如下：
审判组织不合法的法律后果
根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第238条及《中华人民共和国民事诉讼法》第177条，审判组织组成不合法属于“违反法定诉讼程序”的情形。无论一审判决结果是否公正，程序违法本身已构成撤销原判的法定理由。例如，刑事案件中合议庭组成人员未依法回避、民事案件中独任审判员未获授权等，均属于此类情形。
二审的处理原则
二审法院对程序违法问题采取“绝对发回”原则，即不审查实体判决是否正确，直接裁定撤销原判并发回重审。此规则体现程序正义优先于实体正义的现代司法理念，确保当事人获得合法审判组织的公正审理机会。例如，若一审应由合议庭审理而独任审判，即使事实认定无误，二审仍须发回。
发回重审后的程序要求
原审法院需另行组成合议庭（刑事案件）或指定合法审判组织（民事案件）重新审理。发回重审的案件不受“一事不再理”限制，但二审法院不得直接改判，以避免剥夺当事人对程序问题的上诉权。例如，民事案件发回后，当事人可对重审判决再次上诉。
特殊情形说明
若审判组织不合法与判决结果无实质关联（如书记员未回避但未影响公正审判），实践中可能存在争议。但根据现行法律，程序违法与结果公正无因果关系不构成抗辩理由，二审仍应发回。此立场强化了对程序规范的刚性约束。
建议：若您遇到此类情形，需在二审上诉状中明确指出审判组织违法的具体表现（如组成人员资格、回避情形等），并援引《刑事诉讼法》第238条或《民事诉讼法》第177条作为法律依据。如有需要，可进一步向我咨询具体案件中的程序适用问题。