基建矿山的超层越界行为主要由自然资源主管部门进行处罚。以下是对此问题的详细分析：

1. 法律依据与处罚主体：

   • 根据《中华人民共和国矿产资源法》及相关法规，超层越界开采矿产资源属于违法行为。自然资源主管部门（原国土资源部门）作为矿产资源的管理和监督机构，负责查处此类违法行为。

2. 处罚措施：

   • 自然资源主管部门在发现超层越界行为后，会依法进行调查取证，并根据违法情节的严重程度，采取相应的处罚措施。这些措施可能包括责令停止开采、没收违法所得、罚款等。在严重情况下，还可能吊销采矿许可证，甚至追究刑事责任。

3. 多部门协作：

   • 虽然自然资源主管部门是主要的处罚主体，但在实际执法过程中，也可能需要与其他部门如应急管理、公安等部门进行协作。例如，在涉及安全生产或刑事犯罪的情况下，应急管理部门和公安机关可能会介入调查和处理。

4. 法律后果与预防：

   • 超层越界行为不仅可能导致法律处罚，还可能对矿山的安全生产、生态环境等造成严重影响。因此，矿山企业应严格遵守相关法律法规，加强内部管理，确保开采活动在合法范围内进行。同时，政府也应加强监管力度，提高执法效率，以有效遏制超层越界等违法行为的发生。

5. 具体案例与执法实践：

   • 在实际执法中，自然资源主管部门会根据违法行为的性质、情节和后果等因素，综合运用各种处罚措施。例如，对于轻微的超层越界行为，可能仅给予警告或罚款；而对于严重的违法行为，则可能吊销采矿许可证并追究刑事责任。此外，不同地区的执法实践也可能存在差异，具体处罚措施需根据当地法律法规和实际情况确定。

如果您在基建矿山领域遇到超层越界等法律问题，或者需要进一步的法律咨询和帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业、全面的法律意见和解决方案。