在刑事案件中，保证金可能因被取保候审人违反相关规定而被没收，具体情形及程序如下：
一、保证金没收的适用情形
违反法定义务：
- 未经批准离开居住地：被取保候审人未经执行机关批准，擅自离开所居住的市、县，将构成违规，可能导致保证金被没收。
- 信息变动未及时报告：住址、工作单位和联系方式发生变动时，未在二十四小时内向执行机关报告，同样面临保证金被没收的后果。
- 传讯时拒不到案：被取保候审人在接到司法机关传讯通知后，必须及时到案。无故拒不到案，将影响诉讼程序的正常进行，导致保证金被没收。
- 干扰证人作证：被取保候审人不得以任何形式干扰证人作证，包括威胁、引诱、贿赂等。此类行为将严重影响司法公正，必然导致保证金被没收。
- 毁灭、伪造证据或串供：保持证据的完整性和真实性是被取保候审人的基本义务。毁灭、伪造证据或与同案犯串供等行为，将导致保证金被没收。
违反酌定义务：
- 进入特定场所：根据案件性质，司法机关可能禁止被取保候审人进入某些特定场所。违反此规定，将导致保证金被没收。
- 与特定人员会见或通信：为防止串供或妨碍司法，司法机关可能限制被取保候审人与特定人员会见或通信。违反此规定，同样面临保证金被没收的处罚。
- 从事特定活动：在一些案件中，司法机关可能禁止被取保候审人参与与案件相关的特定活动。如违反此规定，保证金将被没收。
- 未交存证件：被取保候审人需将护照等出入境证件、驾驶证件交由执行机关保存。擅自取回或使用这些证件，将导致保证金被没收。
其他特殊情况：
- 具有较大社会危险性：若被取保候审人违反刑事诉讼法相关规定，如企图自杀、逃跑，或在取保候审期间涉嫌故意实施新的犯罪等，公安机关可能认为收取保证金不足以起到约束作用，因此选择不予收取或直接没收已缴纳的保证金。
- 未成年人特殊情况：对于未成年人实施取保候审时，考虑到其特殊情况和保护原则，以及可能缺乏足够的经济能力来支付保证金，因此在很多情况下不会要求缴纳保证金。但若已缴纳且未成年人违反相关规定，保证金也可能被没收。
二、保证金没收的程序
- 调查核实：执行机关在发现被取保候审人存在上述违规情形后，需进行调查核实，收集相关证据材料。
- 制作没收保证金决定书：经核实无误后，执行机关应制作《没收保证金决定书》，详细载明没收原因、金额及法律依据等信息。
- 通知被取保候审人：《没收保证金决定书》需及时送达被取保候审人，并告知其享有陈述申辩权利。
- 执行没收：被取保候审人在规定期限内未提出异议或异议不成立时，执行机关将依法没收保证金并上缴国库。
- 救济途径：被取保候审人对没收决定不服的，可在收到决定书后5日内向上一级机关申请复核一次。复核期间不停止原决定的执行。
三、法律后果与建议
- 法律后果：保证金被没收后，将上缴国库，且被取保候审人可能面临更严格的取保候审条件或被变更强制措施，如逮捕。
- 建议：被取保候审人应严格遵守各项义务，定期与执行机关沟通，确保自己的行为符合法律规定。若对没收决定有异议，应及时行使救济权利，申请复核。
总结来说，保证金没收是刑事诉讼中的一项严厉措施，旨在确保诉讼顺利进行并保障犯罪嫌疑人的合法权益。被取保候审人应严格遵守相关规定，以避免不必要的法律后果。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。