退款扣除手续费是否合法，需根据具体情况判断，主要看合同约定、法律规定以及手续费性质是否合理。以下从不同角度为你详细分析：
一、合同有约定的情况
如果双方在合同中明确约定了退款时需要扣除手续费，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，也不违背公序良俗，那么这种约定是有效的。在这种情况下，退款时扣除手续费就是合法的。例如，在一些在线教育服务合同中，可能会约定如果学员在课程开始前申请退款，需要扣除一定比例的手续费作为平台运营成本或已发生费用的补偿。
二、合同无约定或约定不明的情况
如果合同中没有约定退款时扣除手续费：那么商家或服务提供者单方面扣除手续费可能构成违约。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。在这种情况下，消费者有权要求商家全额退款，并可以就因此遭受的损失要求赔偿。
如果合同约定不明，且双方无法达成补充协议：那么需要根据合同相关条款或者交易习惯来确定。如果仍然无法确定，那么根据公平原则，商家或服务提供者扣除手续费的行为可能缺乏合法依据。例如，在一些购物合同中，如果商家没有明确告知消费者退款时需要扣除手续费，且消费者在购买时也不知晓这一规定，那么商家在退款时单方面扣除手续费就可能引发纠纷。
三、手续费性质是否合理
即使合同中有约定退款时扣除手续费，也需要考虑手续费性质是否合理。如果手续费明显过高，超出了商家或服务提供者因退款而实际遭受的损失，那么这种扣除可能被视为不公平的交易条件，从而构成违法。例如，在一些旅游服务合同中，如果旅行社因为游客取消行程而需要扣除的手续费过高，甚至超过了旅行社因取消行程而实际遭受的损失（如已支付的酒店预订费用、机票费用等），那么这种扣除就可能被视为不合理。
法律建议
在签订合同时：务必仔细阅读合同条款，特别是关于退款和手续费的部分。如果合同中有不明确或不合理的地方，应及时与商家或服务提供者沟通并修改。
在申请退款时：如果商家或服务提供者要求扣除手续费，应要求其出示合同依据或相关法律规定。如果无法提供合理依据，消费者有权拒绝扣除手续费并要求全额退款。
如果发生纠纷：可以尝试与商家或服务提供者协商解决。如果协商无果，可以向消费者协会投诉或寻求法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益。
如果你在退款过程中遇到了扣除手续费的问题，并且不确定其是否合法，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况为你提供专业的法律建议。