正在建造的船舶抵押权自抵押合同生效时设立，但未经登记不得对抗善意第三人。以下从不同角度为你详细分析：

抵押权设立时间

根据《中华人民共和国民法典》第四百零二条规定，以本法第三百九十五条第一款第一项至第三项规定的财产或者第五项规定的正在建造的建筑物抵押的，应当办理抵押登记。抵押权自登记时设立。不过，对于正在建造的船舶这一特殊动产抵押，依据《中华人民共和国海商法》第十四条规定，建造中的船舶抵押权，其设立以抵押合同生效为时间点。也就是说，当抵押人与抵押权人就建造中的船舶抵押事宜达成合意，签订合法有效的抵押合同后，抵押权即设立。

例如，船舶建造企业为了获得资金继续建造船舶，与银行签订了抵押合同，将正在建造的船舶抵押给银行。只要该抵押合同符合法律规定的生效要件，如双方具有相应的民事行为能力、意思表示真实、不违反法律或行政法规的强制性规定等，那么在合同生效的那一刻，银行就对该建造中的船舶享有了抵押权。

登记对抗效力

虽然正在建造的船舶抵押权在抵押合同生效时设立，但如果不进行登记，会产生不能对抗善意第三人的法律后果。所谓善意第三人，是指不知道也不应当知道该船舶已经设定抵押权，并且支付了合理的对价取得了船舶相关权益的人。

举例来说，船舶建造企业将正在建造的船舶抵押给银行后未办理登记，之后又将该船舶卖给了不知情的第三人，且第三人支付了合理的价款。在这种情况下，银行虽然基于抵押合同享有抵押权，但由于没有进行登记，不能对抗该善意第三人。第三人可以合法取得船舶的所有权，银行的抵押权就无法对该船舶行使，只能向船舶建造企业主张违约责任等其他权利。所以，为了保障抵押权人的利益，及时办理抵押登记是非常必要的。