发票案件的查处一般由税务机关负责，具体来说：

1. 税务稽查局是主要查处部门
   根据《中华人民共和国税收征收管理法》及其实施细则，税务稽查局是税务机关中专门负责查处税收违法行为的机构。发票作为重要的税收凭证，其开具、使用、保管等环节的违法行为（如虚开发票、伪造发票、非法代开发票等）均由税务稽查局立案调查。例如，企业通过虚开发票骗取出口退税或抵扣税款，税务稽查局会依法进行税务检查、取证，并作出行政处罚（如罚款、没收违法所得）或移送司法机关处理。

2. 公安机关在特定情形下介入
   若发票案件涉及刑事犯罪（如虚开发票罪、非法制造发票罪等），税务机关会将案件移送公安机关立案侦查。根据《刑法》第二百零五条至第二百零九条，虚开发票金额较大或情节严重的，可能构成犯罪，需由公安机关侦查、检察机关起诉、法院审判。例如，企业为他人虚开增值税专用发票，涉案税款数额超过10万元的，公安机关会依法追究刑事责任。

3. 其他部门协同配合
   在查处发票案件时，税务机关可能与其他部门协作：

   • 市场监管部门：若发票案件涉及非法经营（如无证印制发票），市场监管部门会配合查处；
     
   • 海关：若发票案件与进出口环节相关（如利用虚假发票骗取出口退税），海关会参与调查；
     
   • 审计部门：在审计过程中发现发票违法线索的，审计部门会移送税务机关处理。

总结：发票案件的查处以税务机关（尤其是税务稽查局）为主，刑事案件由公安机关介入，其他部门根据职责协同配合。若您遇到具体发票违法问题（如被税务机关调查、收到虚开发票通知等），可直接向我咨询，我会结合案件细节（如发票类型、涉案金额、行为性质等）为您分析法律风险及应对策略。