保护女儿免受亲生父亲侵害是一个极其严肃且需要谨慎处理的问题。核心结论是：必须立即采取法律手段和社会支持措施，确保女儿的安全，并追究侵害者的法律责任。以下是具体分析和建议：

1. 立即确保女儿的人身安全

• 紧急保护措施：如果女儿正面临即时危险（如暴力、性侵害等），应立即报警，并申请紧急保护令（如人身安全保护令）。根据《反家庭暴力法》，法院可在24小时内签发保护令，禁止施暴者接近、骚扰或伤害女儿。
• 暂时分离：在警方或法院介入前，可将女儿暂时安置在亲属家、妇女庇护所等安全场所，避免与施暴者直接接触。

2. 收集并固定证据

• 医疗证据：如果女儿已受到身体伤害，立即带她就医，并保存所有医疗记录（如诊断书、伤情照片、病历等）。
• 证人证言：记录目击者（如亲属、邻居、老师）的联系方式，以便后续作证。
• 其他证据：保存施暴者的威胁短信、录音、视频等，这些均可作为法律证据。

3. 通过法律途径追究责任

• 刑事报案：向公安机关报案，指控施暴者涉嫌虐待、强奸、猥亵儿童等犯罪行为。公安机关立案后，会启动刑事侦查程序。
• 民事诉讼：可提起监护权变更诉讼，申请撤销施暴者的监护资格，并由法院指定其他亲属或机构作为监护人。根据《民法典》第36条，监护人实施严重侵害被监护人权益行为的，法院可撤销其监护资格。
• 申请禁止令：在离婚或分居诉讼中，可同时申请行为保全禁止令，禁止施暴者接近女儿或实施其他侵害行为。

4. 寻求社会支持与心理干预

• 妇女儿童保护机构：联系当地妇联、未成年人保护中心或社会组织，获取临时庇护、法律援助和心理辅导。
• 心理咨询：女儿可能因侵害产生心理创伤，需专业心理咨询师介入，帮助她恢复心理健康。
• 学校与社区支持：与女儿的学校沟通，确保校方知晓情况并采取保护措施（如安排专人接送、避免与施暴者接触）。

5. 长期保护与预防

• 持续监督：即使施暴者暂时被限制接触女儿，仍需定期向法院或警方报告其动态，防止再次侵害。
• 法律教育：向女儿普及自我保护知识（如识别危险、拒绝不当接触），并教育她遇到侵害时及时求助。
• 家庭关系重建：若未来考虑让女儿与父亲接触（如监护权部分恢复），需在专业机构监督下进行，并确保有严格的安全措施。

6. 特殊情况处理

• 如果施暴者拒不认罪：坚持通过法律程序追究责任，证据充分时，公安机关会强制侦查，检察院会提起公诉。
• 如果女儿年龄较小：需特别注意取证方式（如由专业人员询问），避免二次伤害，并优先保障其心理安全。

最后提醒：保护女儿是您的首要责任，任何犹豫都可能加剧危害。如果需要进一步帮助（如起草法律文书、联系庇护机构），可直接向我咨询，我会为您提供具体指导。