在股权转让协议与更改新章程的优先性问题上，并没有一个绝对的先后顺序，而是取决于具体的情况和公司的章程规定。以下是我从不同角度为你进行的分析：

1. 从合同自由与公司自治的角度：

   • 股权转让协议是股东之间或股东与外部投资者之间就股权转让事宜达成的协议，它主要受到《合同法》（现《民法典》合同编）的调整。在协议中，双方可以约定股权转让的各项条款，包括转让价格、支付方式、转让时间等。
   • 公司章程则是公司的“宪法”，它规定了公司的组织结构、管理方式、股东权利与义务等基本事项。公司章程的修改需要遵循一定的程序，通常需要股东会或股东大会的特别决议通过。
   • 在股权转让过程中，如果公司章程对股权转让有特别规定（如优先购买权、审批程序等），那么这些规定应当优先于股权转让协议中的一般条款。因为公司章程是公司内部的“法律”，对全体股东具有约束力。

2. 从实际操作与程序的角度：

   • 在实践中，股权转让协议的签订和公司章程的修改往往是相互关联的。有时，为了完成股权转让，需要先修改公司章程以反映新的股权结构或股东权利与义务的变化。
   • 另一方面，如果股权转让协议已经签订，但公司章程尚未修改，这并不意味着股权转让无效。只是，在修改公司章程之前，新的股东可能无法完全行使股东权利（如参与股东会、行使表决权等），因为公司章程的修改是股东权利行使的基础。
   • 通常建议：在股权转让过程中，先就股权转让事宜达成初步协议，然后根据公司章程的规定和实际需要，修改公司章程以反映股权转让的结果。这样既可以确保股权转让的合法性，又可以保障新股东的权益。

3. 从法律后果的角度：

   • 如果股权转让协议与公司章程的规定存在冲突，且无法通过协商解决，那么可能会引发法律纠纷。在这种情况下，法院或仲裁机构会根据相关法律法规和公司章程的规定，以及双方的实际情况和过错程度，来判定股权转让的效力以及双方的责任。
   • 因此，为了避免法律纠纷和保障自身权益，股东在签订股权转让协议和修改公司章程时，应当谨慎对待，确保协议和章程的内容合法、合规且相互协调。

总结与建议：

• 股权转让协议与公司章程的修改并没有绝对的先后顺序，而是需要根据具体情况和公司章程的规定来灵活处理。
• 在股权转让过程中，建议股东先就股权转让事宜达成初步协议，然后根据公司章程的规定和实际需要，及时修改公司章程以反映股权转让的结果。
• 如果遇到法律纠纷或不确定如何处理的情况，建议及时咨询专业律师以获取法律帮助和指导。

希望以上分析能对你有所帮助。如果你还有其他关于公司法务的问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。