结论前置：股东变更即使公司章程中有相关规定，也仍然需要签订股权转让协议。以下从不同角度为你详细分析：

从法律规定的角度

根据《中华人民共和国公司法》及相关司法解释，股权转让是股东之间或股东与非股东之间就公司股权的转移所达成的协议行为。虽然公司章程可以对股权转让的相关事项作出规定，比如转让的条件、程序等，但公司章程的规定并不能替代股权转让协议。

股权转让协议是明确转让方和受让方权利义务关系的重要法律文件，它详细约定了股权转让的价格、支付方式、支付时间、股权过户的时间、违约责任等关键条款。这些内容是公司章程难以全面涵盖的，而且公司章程主要是对公司内部治理结构和股东权利义务的总体性规定，不具有股权转让协议那样的针对性和具体性。例如，在股权转让价格方面，公司章程一般不会规定具体的价格，而是需要转让双方通过协商在股权转让协议中确定。

从合同效力的角度

股权转让协议是转让方和受让方之间基于自愿、平等、公平的原则达成的合意，具有合同效力。一旦双方签订了合法有效的股权转让协议，就应当按照协议的约定履行各自的义务。如果一方不履行协议，另一方可以依据协议的约定追究其违约责任。

而公司章程是公司内部的“宪法”，主要规范公司的组织架构、股东权利义务、公司决策程序等事项。公司章程的规定对于公司、股东、董事、监事、高级管理人员等具有约束力，但它并不能直接产生股权转让的合同效力。即使公司章程规定了股权转让的相关程序，转让双方仍然需要通过签订股权转让协议来明确双方的具体权利义务。

从实际操作的角度

在公司登记机关办理股东变更登记时，通常需要提交股权转让协议作为重要的申请材料之一。这是因为股权转让协议是证明股权转让事实和双方真实意思表示的重要依据。如果没有股权转让协议，公司登记机关可能无法确认股权转让的真实性和合法性，从而拒绝办理股东变更登记手续。

例如，假设A公司股东张三要将其持有的股权转让给李四，虽然公司章程中规定了股权转让需要经过其他股东过半数同意等程序，但张三和李四仍然需要签订股权转让协议，明确转让的股权比例、价格、支付方式等具体事项。然后，他们才能依据股权转让协议和公司章程的规定，办理相关的审批手续和股东变更登记手续。

建议：在进行股东变更时，一定要签订详细的股权转让协议，并确保协议的内容合法、有效、完整。同时，要按照公司章程的规定履行相关的审批程序，以确保股东变更的合法性和有效性。如果你在股东变更过程中遇到任何法律问题，都可以直接向我咨询。