贪官被查赃款的处理方式主要依据法律规定进行没收、追缴或返还，具体处理流程和原则如下：

1. 赃款的性质认定与处理原则
   根据《中华人民共和国刑法》第六十四条，贪官被查获的赃款属于违法所得，需依法追缴或没收。处理时遵循“违法所得一律上缴国库”的原则，确保赃款不流回个人或相关利益方手中。若赃款涉及特定被害人（如贪污、挪用公款案件中的单位），需优先返还被害人；若无明确被害人或赃款已被挥霍，则直接上缴国库。

2. 具体处理流程

   • 侦查阶段：公安机关或纪检监察机关查扣赃款后，需制作扣押清单，并由嫌疑人签字确认。若赃款涉及现金、存款、贵重物品等，需妥善保管并移交检察院。
     
   • 审查起诉阶段：检察院对赃款的合法性、关联性进行审查，确认是否属于违法所得。若存在争议（如赃款与合法财产混同），需通过审计、鉴定等方式厘清。
     
   • 审判阶段：法院在判决中明确赃款的处置方式。若认定构成犯罪，会判决“继续追缴违法所得”或“没收财产”；若赃款已追回，则直接裁定上缴国库或返还被害人。
     
   • 执行阶段：判决生效后，由法院执行部门负责赃款的实际处理。若赃款已转移至第三方（如家属、关联企业），需通过民事诉讼或刑事附带民事诉讼追缴。

3. 特殊情形处理

   • 赃款已挥霍或灭失：若赃款被贪官用于个人消费、投资或转移至境外，且无法追回，法院会判决“责令退赔”，即要求贪官以个人合法财产弥补损失。若贪官无财产可供执行，案件可能终结本次执行，但未来发现财产时可恢复执行。
     
   • 赃款与合法财产混同：若贪官将赃款与合法收入混合使用（如购买房产、股票），需通过“赃款比例折算”或“整体没收后返还合法部分”的方式处理。例如，若贪官用赃款和合法资金共同购房，法院可能按赃款占比没收房产份额，或拍卖房产后按比例返还合法部分。
     
   • 涉案第三方权益：若赃款被转移至第三方（如亲属、朋友），需区分第三方是否善意取得。若第三方明知是赃款仍接受，需依法追缴；若第三方无过错（如支付合理对价购买赃物），则可能保护其权益，仅追缴贪官实际获得的利益。

4. 国际合作与跨境追赃
   若赃款被转移至境外，我国会通过国际刑事司法协助（如引渡、遣返、没收协助）或民事诉讼（如承认与执行外国法院判决）追回。例如，通过《联合国反腐败公约》框架下的合作，要求境外金融机构冻结、返还赃款。

总结：贪官被查赃款的处理以“追缴上缴国库”为核心，兼顾被害人返还和第三方权益保护。整个流程严格依法进行，确保赃款不流回腐败分子手中，同时维护法律公平。若您有具体案件或细节需要进一步分析，可以直接向我咨询。